Tesis EP Genética y Biotecnología

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Código de barras de la vida para el entendimiento de la diversidad y endemismo de la hirudofauna presente en cuerpos de agua de la región San Martín, Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2026) Hinojosa Enciso, Elthon Thomas; Ramírez Mesías, Rina Lastenia
Hirudinea constituye un taxón de clitelados altamente especializados, que pese a exhibir diversidad y endemismo para Sudamérica, aún presenta vacíos de información importantes. Esta investigación constituye el primer esfuerzo por caracterizar la hirudofauna dulceacuícola en la región San Martín, Perú, país megadiverso donde los anélidos han sido desatendidos. Mediante la integración de la morfología externa con el uso del código de barras de ADN (marcador COI) acompañado de métodos de delimitación de especies y estimación de la diversidad filogenética, se identificaron siete especies pertenecientes a los géneros Helobdella y Barbronia. Mientras que los análisis moleculares confirmaron la presencia de especies introducidas y cosmopolitas como B. weberi y H. europaea, también permitieron el descubrimiento de tres especies nuevas de Helobdella para la ciencia (siendo un par de ellas crípticas), la identificación de un linaje basal H. aff. melananus el cual también sería una nueva especie, y de un linaje bien diferenciado de H. adiastola. Se propone que la estabilidad hídrica de los sistemas lénticos, como la Laguna de Sauce o piscinas artificiales, son el factor determinante para la conservación de la riqueza biológica, funcionando como "refugios evolutivos" que albergan hasta un tercio de la historia filogenética de sus respectivos grupos. Asimismo, se documentaron por primera vez asociaciones con cinco especies de caracoles del género Pomacea, subrayando que la historia evolutiva de estos hospederos influye directamente en la supervivencia y dispersión de los hirudíneos. En conclusión, el trabajo establece un precedente metodológico y empírico para comprender la exclusividad biológica que albergan los cuerpos de agua en el Bosque Tropical Estacionalmente Seco, demostrando que el territorio peruano resguarda una exclusividad biológica excepcional que requiere de esfuerzos de investigación continuos para su pleno entendimiento.
Evaluación del efecto de resveratrol y ácido ascórbico en la criopreservación de espermatozoides epididimarios de alpaca (Vicugna pacos) sobre la calidad espermática postdescongelamiento
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Caceres Marmolejo, Jose Angel; Valdivia Cuya, Martha Esther
La criopreservación de espermatozoides constituye una estrategia fundamental para la conservación de la capacidad fecundante con fines de reproducción asistida; sin embargo, este proceso genera daños extra e intracelulares que inducen alteraciones fisiológicas y bioquímicas asociadas a una producción excesiva de especies reactivas de oxígeno, afectando negativamente la movilidad, la viabilidad espermática y aumentando la fragmentación del ADN. En este contexto, el estudio evaluó la calidad de espermatozoides epididimarios de alpaca en la etapa post descongelamiento mediante la incorporación de ácido ascórbico y resveratrol, ambos a una concentración de 0,2 mM, en el medio de criopreservación. Las muestras fueron obtenidas de la cola del epidídimo de testículos de alpaca procedentes del departamento de Huancavelica, seleccionándose aquellos con un peso mínimo de 8 g y con una movilidad espermática superior al 70 %. Se analizaron los parámetros de viabilidad, movilidad, niveles de especies reactivas de oxígeno y el índice de fragmentación del ADN mediante la prueba de dispersión de cromatina espermática. Los resultados evidenciaron que el proceso de criopreservación afectó principalmente la movilidad progresiva, observándose los valores más bajos en el grupo control sin antioxidantes; en contraste, el grupo suplementado con resveratrol presentó mayores niveles de viabilidad y movilidad espermática, así como un menor índice de fragmentación del ADN, mientras que ambos tratamientos antioxidantes superaron al grupo control. Asimismo, se registró un incremento de especies reactivas de oxígeno en todos los grupos post descongelamiento, siendo mayor la fragmentación del ADN en aquellos con niveles elevados de estas especies. Se concluye que la suplementación antioxidante, particularmente con resveratrol, contribuye a mitigar los efectos del criodaño, aportando evidencia relevante para la optimización y estandarización de protocolos de criopreservación de espermatozoides de alpaca.
Frecuencia de la ataxia GAA-FGF14/SCA27B en una cohorte de pacientes peruanos sin un diagnóstico definitivo atendidos en el Centro de Investigación Básica en Neurogenética (CIBN) en el periodo 1996-2022
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Saldarriaga Mayo, Ana Daniela; Barletta Carrillo, Claudia Fiorella; Cornejo Olivas, Mario Reynaldo
La ataxia espinocerebelosa tipo 27B (SCA27B) es una ataxia hereditaria causada por la expansión del microsatélite GAA en el gen FGF14 y se caracteriza por episodios de disfunción cerebelosa, como alteraciones en la coordinación y el equilibrio. Desde su identificación en 2023, ha sido reportada en diversas poblaciones de Norteamérica, Europa, Asia y recientemente en Brasil; sin embargo, su prevalencia y características genéticas en la población peruana son desconocidas. El estudio tuvo como objetivo estimar la frecuencia de SCA27B en una cohorte peruana de pacientes con ataxia hereditaria sin diagnóstico definitivo atendidos en el Centro de Investigación Básica en Neurogenética (CIBN) durante el periodo 1996–2022. Se analizaron muestras de ADN de 166 individuos provenientes del Banco de ADN-Neurogenética, realizándose la genotipificación del microsatélite GAA del gen FGF14 mediante PCR fluorescente de largo alcance, RP-PCR bidireccional, electroforesis en gel y secuenciación de Sanger. No se identificaron alelos con expansiones puras mayores a 250 repeticiones GAA. Los alelos normales oscilaron entre 7 y 127 repeticiones, siendo el de 8 repeticiones el más frecuente (25,3%). Asimismo, en el 16% de las muestras se detectaron expansiones complejas [(GAA)n(GCA)m]z con tamaños equivalentes a 310–332 tripletes, de significado clínico incierto. En conclusión, no se identificaron casos con expansión patogénica del microsatélite GAA en FGF14 asociada a SCA27B, lo que sugiere que esta entidad podría constituir una causa poco frecuente de ataxia hereditaria en la población peruana; no obstante, la presencia de alelos expandidos no puros (16,4%) requiere mayor investigación para esclarecer su relevancia clínica.
Evaluación del efecto de la melatonina en la maduración de ovocitos de Vicugna pacos de Huancavelica
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Zeña Carrasco, Hector Josue; Valdivia Cuya, Martha Esther
El presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto de la melatonina en la maduración in vitro de ovocitos de alpaca (Vicugna pacos) obtenidos a partir de ovarios colectados en el Camal Municipal de Huancavelica. La investigación se desarrolló mediante el aislamiento de ovocitos maduros, los cuales fueron cultivados en medios suplementados con diferentes concentraciones de melatonina, analizándose parámetros como la viabilidad ovocitaria, las tasas de maduración, activación y desarrollo embrionario, así como el estrés oxidativo, mediante microscopía de contraste de fases y fluorescencia. Los resultados evidenciaron que la adición de melatonina en una concentración de 10⁻⁷ incrementó la tasa de blastulación en comparación con el grupo control, lo que sugiere un efecto protector frente al estrés oxidativo; sin embargo, no se observaron diferencias significativas en la maduración ni en la activación ovocitaria. Se concluye que la melatonina podría emplearse como un suplemento en los protocolos de maduración in vitro de ovocitos de alpaca, contribuyendo al desarrollo de biotecnologías reproductivas orientadas a la mejora reproductiva de esta especie, recomendándose estudios adicionales para optimizar su aplicación.
Estudio de la variación genética en el ADN mitocondrial (ADNmt) de pobladores de ascendencia amerindia de la ciudad de Juliaca-Puno mediante la técnica de PCR-RFLP
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Mendoza Farro, Ada Patricia; Barletta Carrillo, Claudia Fiorella
El estudio analiza la variabilidad genética materna de la población de Juliaca-Puno mediante el análisis del ADN mitocondrial (ADNmt), caracterizado por su alta tasa de mutación y ausencia de recombinación, lo que lo convierte en una herramienta clave para estudios de herencia materna y estructura poblacional. A través de la técnica PCR-RFLP, se clasificó una muestra de 199 individuos en los principales haplogrupos mitocondriales amerindios fundadores del continente americano (A, B, C y D). Los resultados muestran una marcada predominancia del haplogrupo B (71.86%), seguido de los haplogrupos A (12.06%), C (11.55%) y D (4.52%), así como un valor de diversidad genética de 0.45597 ± 0.0391, lo que sugiere una población genéticamente diversa. La elevada frecuencia del haplogrupo B es consistente con estudios previos en poblaciones amerindias de la región. El análisis comparativo de los valores FST con 79 poblaciones reportadas en la literatura evidencia una mayor similitud genética de Juliaca con poblaciones de Wayku/Lamas y Awajún (San Martín), Oxapampa (Pasco), Capachica (Puno), Cusco, Arequipa y La Paz (Bolivia). En conjunto, los hallazgos aportan información relevante para comprender la composición genética y la estructura étnico-geográfica de la población peruana.
Detección molecular y genotipificación de Helicobacter pylori en biopsias gástricas de pacientes atendidos en el Hospital Nacional Dos de Mayo Lima- Perú, 2016-2019
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Aponte Luna, Janeth Mirella; De la Cruz Calvo, Augusto Fernando
La investigación analizó la detección y caracterización molecular de Helicobacter pylori en biopsias gástricas de pacientes con diagnóstico de gastritis, metaplasia o carcinoma atendidos en el Hospital Nacional Dos de Mayo, Lima, durante el periodo 2016–2019, considerando la relevancia del cáncer gástrico como principal causa de muerte por cáncer en el Perú. Mediante un enfoque cuantitativo y el uso de la técnica de qPCR, se realizó la amplificación del gen constitutivo ADNr16S para la detección de H. pylori y la genotipificación de los genes de virulencia cagA, vacA y las variantes iceA1 e iceA2 en un total de 105 muestras. Los resultados evidenciaron una frecuencia de infección por H. pylori del 31,4%, con diferencias significativas entre los grupos de gastritis y carcinoma, aunque sin una asociación concluyente entre la presencia de la bacteria y los estados patológicos, lo que sugiere la intervención de otros factores en la progresión hacia el cáncer gástrico. Se observó una alta prevalencia de los genes cagA y vacA, así como asociaciones significativas entre cagA y gastritis, y entre vacA y carcinoma, mientras que las variantes iceA1 e iceA2 mostraron baja frecuencia y ausencia de asociación significativa. El análisis filogenético del gen ADNr16S reveló una elevada diversidad alélica sin una estructura geográfica definida, lo que pone de manifiesto la heterogeneidad genética de H. pylori circulante en la población peruana.
Potencial de los MICROARNs mir-486-3P y mir-451A como biomarcadores en el diagnóstico temprano del cáncer de mama luminal A
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Bouroncle Cárdenas, Desireé Nicole; Paredes Anaya, Mónica Yolanda
El cáncer de mama es la neoplasia maligna más frecuente en mujeres y una de las principales causas de mortalidad por cáncer. En Perú, ocupa el segundo lugar en incidencia y presenta una alta tasa de mortalidad. El subtipo molecular Luminal A es el más prevalente, con alta expresión de receptores hormonales y un pronóstico favorable en estadios tempranos. No obstante, métodos convencionales como la mamografía presentan limitaciones diagnósticas, especialmente en mujeres jóvenes. Este estudio evaluó la expresión de los microARNs circulantes miR-486-3p y miR-451a en muestras de plasma de mujeres peruanas con cáncer de mama Luminal A en estadio temprano. Se observó una sobreexpresión significativa de miR-486-3p en pacientes frente al grupo control, mientras que miR- 451a no presentó diferencias significativas. El análisis de curvas ROC mostró que el modelo combinado de ambos microARNs tuvo el mejor desempeño diagnóstico, con un AUC de 0,822, una sensibilidad del 75% y una especificidad del 86,7%, superando al uso individual de cada marcador. Estos hallazgos sugieren que el modelo combinado podría constituir una herramienta complementaria para la detección temprana del cáncer de mama tipo Luminal A, aunque se requiere su validación en cohortes más amplias.
Validación de genes de referencia y perfil de expresión génica en juveniles de diferentes tallas del lenguado Paralichthys adspersus (Steindachner, 1867)
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Yacolca Castillo, Adrian Antonio; Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth
Paralichthys adspersus, conocido como lenguado fino, enfrenta desafíos en su cultivo debido a un desarrollo y crecimiento desiguales, especialmente en las etapas de post-metamorfosis, juvenil y adulta. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo caracterizar los perfiles de expresión génica asociados al desarrollo y crecimiento en juveniles de P. adspersus, mediante el uso de genes endógenos identificados a partir de transcriptomas y seleccionados por su expresión diferencial mediante análisis in silico. Se evaluaron cuatro genes candidatos a endógenos (beta-actina [bact], proteínas ribosomales 40S y 60S [rp4x y rplp2], y ubiquitina [ubr1]) y seis genes relacionados con procesos de desarrollo y crecimiento (bglap, myo15b, nrx3a, bnip3l, cidec y hbae.2). La validación experimental se realizó mediante qPCR en muestras de hígado y músculo de juveniles de diferentes tallas (pequeña, mediana y grande). Las eficiencias de amplificación y valores Ct fueron analizados mediante los programas geNorm, NormFinder y BestKeeper, identificando a bact, seguido de rp4x y ubr1, como los genes más estables para normalización. Entre los genes de interés, bnip3l, cidec, hbae y bglap cumplieron criterios de validación. Se observó subexpresión de bglap y hbae.2 en juveniles grandes respecto de los pequeños, y sobreexpresión de bnip3l, lo que sugiere su implicancia en el crecimiento diferencial. La expresión variable de cidec podría estar relacionada con respuestas a estrés fisiológico. Se proponen a bact, rp4x y ubr1 como genes endógenos de referencia, y a bglap, hbae.2 y bnip3l como posibles marcadores para el monitoreo molecular del crecimiento en P. adspersus.
Regeneración in vitro de explantes embrionarios de algodón nativo de color (Gossypium Barbadense)
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Pillaca Chillcce, Guido Bryan; Roel Barahona, Indira Aurora
La regeneración in vitro de la planta de algodón es un desafío por su naturaleza recalcitrante, influenciada por el genotipo, el tipo de explante y el medio de cultivo. En especial, el algodón nativo de color (Gossypium barbadense) cultivado en Perú, el cual ha sido poco estudiado en este contexto. El objetivo de este estudio fue lograr la regeneración in vitro a partir de embriones cigóticos de algodón nativo de color crema mediante dos vías: organogénesis y embriogénesis somática, utilizando explantes de embriones maduros (ápices, cotiledones, hipocótilo y radícula). En primer lugar, se evaluó la germinación y viabilidad de las semillas, obteniendo valores superiores al 80%. Además, se analizó la viabilidad de cotiledones y ejes embrionarios, mostrando resultados positivos para ambos tejidos. Posteriormente, se evaluó el uso de carbón activado (1 g/L), encontrando que es crucial para la supervivencia del ápice y para la inducción eficiente de callos en el hipocótilo. En cuanto a la inducción de multibrotes, se utilizó el ápice embrionario en medios con diferentes concentraciones de KIN, siendo las concentraciones de 1 y 1.5 mg/L las más efectivas para la regeneración y el desarrollo del mayor número de brotes. Finalmente, se indujeron callos embriogénicos utilizando auxinas como ANA (1, 1.5 y 2 mg/L) y 2,4-D (0.1, 0.5 y 1 mg/L), observándose que el regulador de crecimiento 2,4-D fue más efectivo que el ANA en la inducción de callos embriogénicos. Los explantes respondieron de forma distinta a las concentraciones de 2,4-D, mostrando que el hipocótilo fue el más eficiente. En conclusión, el uso de carbón activado a 1g/L fue crucial para la supervivencia del ápice en el cultivo in vitro y su regeneración de brotes respondió mejor al usar KIN a 1 y 1.5 mg/L. Por otro lado, el 2,4-D fue capaz de inducir callos embriogénicos en explantes de embriones maduros de algodón nativo de color, mientras que el ANA no fue efectivo para estos tipos de explantes.
Prevalencia del virus papiloma humano de alto riesgo tipo 16, 18 y 31 en pacientes con cáncer de mama y tumores benignos mamarios en Hospital Santa Rosa – Lima
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Porras Valencia, Angie Tatiana; Mamani Zapana, Enrique Walter
El cáncer de mama (CM) es una de las neoplasias más frecuentes y una de las principales causas de mortalidad femenina a nivel mundial. A pesar de los avances en su diagnóstico y tratamiento, su etiología sigue siendo compleja y multifactorial. Recientes estudios sugieren un posible rol del Virus del Papiloma Humano (VPH) en la carcinogénesis mamaria, particularmente los genotipos de alto riesgo (16, 18 y 31), aunque su relación aún no está claramente establecida. El presente estudio tuvo como objetivo determinar la prevalencia de los tipos de VPH 16, 18 y 31 en muestras de tejido mamario maligno y benigno de pacientes atendidas en el Hospital Santa Rosa (Lima) entre 2021 y 2023. Se realizó un estudio transversal en 75 muestras parafinadas (FFPE), las cuales fueron sometidas a extracción de ADN mediante el kit EasyPure FFPE Tissue Genomic DNA y analizadas mediante PCR en tiempo real (qPCR). Además, se evaluó la relación entre la presencia de VPH y biomarcadores inmunohistoquímicos (Receptor de Estrógeno, HER2 y Ki-67), así como otras características clínicas y patológicas. Los resultados mostraron una prevalencia global del 36% de infección por VPH de alto riesgo. El genotipo más frecuente fue el VPH 16 (85.2%), seguido del VPH 31 (11.1%), mientras que no se detectó el VPH 18 en ninguna de las muestras analizadas. No se observaron asociaciones estadísticamente significativas entre la infección de VPH AR y cáncer de mama, edad de las pacientes, grado histológico de los tumores y biomarcadores evaluados. Se concluye que el VPH 16 es el genotipo predominante en las muestras analizadas, seguido por el VPH 31, y que su presencia no parece estar directamente asociada con biomarcadores clínico- patológicos. Sin embargo, los resultados subrayan la importancia de realizar estudios longitudinales, incluir otros genotipos de VPH de alto riesgo y considerar factores epidemiológicos y clínicos adicionales para esclarecer el posible rol del VPH en el desarrollo del cáncer de mama.
Filogenia, tiempo de divergencia y delimitación molecular de especies en el género Neltuma RAF.
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Saldaña Delgado, Cristina Gianina; Rivas Chamorro, Marinoli
El avance de la pérdida de hábitat y extracción intensiva de los recursos naturales afecta de manera significativa la diversidad biológica. El género Neltuma Raf. (Familia: Fabaceae, Subfamilia: Caesalpinioideae) en el Perú incluye varias especies amenazadas principalmente por la deforestación, sin embargo, no existe un consenso sobre el número de especies, lo cual afecta los planes de conservación liderados por las instituciones peruanas como el Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA). En este estudio, se analizaron la filogenia, el tiempo de divergencia y la delimitación de especies del género Neltuma usando los genes nucleares NIA y G3pdh. La reconstrucción filogenética, basada en inferencia bayesiana y máxima verosimilitud, confirmó a Neltuma como un grupo monofilético, donde las especies se agruparon en dos clados principales: Mesquite y N.kuntzei-N.argentina. Los especímenes peruanos del género Neltuma se agruparon principalmente en dos clados (Neltuma cf. Limensis y Neltuma cf. pallida - Neltuma cf. limensis) los cuales fueron anidados dentro del clado Mesquite. La estimación de tiempo de divergencia sugiere que Neltuma divergió en el Mioceno tardío y presentó una mayor diversificación durante el Plioceno y el Pleistoceno. La delimitación de especies, basada en los modelos Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD), Poisson Tree Processes (PTP) y Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP), identificó 11 MOTUs (Unidades Taxonómicas Operacionales Moleculares) para los especímenes peruanos, donde la especie endémica N. mantaroensis fue recuperada como un linaje diferente. Este estudio aporta nueva evidencia molecular y filogenética, permitiendo una mejor comprensión de la diversidad y evolución del género Neltuma.
Inducción de subpoblaciones de células T asesinas naturales invariantes (iNKT) en el modelo murino humanizado knock-in para hCD1d mediante glicolípidos solubles y contenidos en liposomas
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Flores Durand, Gary Jacsel; Alzamora Gonzales, Libertad; Carreño Márquez, Leandro Javier; García Betancourt, Richard García
El alfa-galactosilceramida (α-GC) y sus análogos son glicolípidos capaces de estimular a las subpoblaciones de células asesinas naturales T invariantes (iNKT). La estimulación de estas células puede variar dependiendo del sistema de entrega, el tipo de glicolípido, el modelo biológico, entre otros factores. El objetivo fue demostrar la estimulación de las subpoblaciones de células iNKT producida por α-GC y sus análogos en forma soluble y contenidos en liposomas, en un modelo de ratón humanizado para células iNKT. Se investigó el impacto de la administración de glicolípidos contenidos en liposomas en la frecuencia de diversas subpoblaciones de células iNKT, analizando la producción de citoquinas como IL-10, IL-4, IL-17A, IFN-γ y TNF-α. Los resultados revelaron una respuesta inmunitaria diversa y compleja, con diferencias significativas en la expansión de células iNKT dependiendo del tipo de glicolípido y del sistema de entrega utilizado. Se observó la estimulación de subpoblaciones específicas de células iNKT, como NKT1 y NKT2, lo que indica la capacidad de los liposomas para modular la respuesta inmunitaria. Estos hallazgos respaldan el potencial terapéutico de los liposomas modificados, aunque se destaca la necesidad de una comprensión más profunda de los mecanismos subyacentes y la optimización de los sistemas de entrega para futuras aplicaciones clínicas. En conjunto, este estudio resalta la complejidad de la respuesta inmunitaria inducida por α-GC y sus análogos y subraya su importancia como herramientas para modular específicamente las respuestas de las células iNKT.
Diversidad de patógenos bacterianos potencialmente zoonóticos en Primates no humanos (Saimiri boliviensis, Saguinus labiatus, Saguinus mystax y Saguinus fuscicollis) mantenidos en semicautiverio en concesiones de IVITA-Iquitos
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Silvestre Espejo, Thalia Araceli; Maturrano Hernandez, Abelardo Lenin
El objetivo de este trabajo fue evaluar la presencia y diversidad de patógenos bacterianos potencialmente zoonóticos en muestras de sangre de primates no humanos mantenidos en condiciones de semicautiverio. Para ello, el material genético extraído de las muestras de sangre de Saguinus mystax, S. labiatus, S. fuscicollis y Saimiri boliviensis fueron agrupados y se amplificaron las regiones hipervariables V3-V4 del gen 16S de ARN ribosomal que posteriormente fueron secuenciadas. El análisis de estas secuencias reveló Variantes de Secuencia de Amplicón (ASV, del inglés Amplicon Sequence Variant) características de la diversidad de comunidades microbianas asociadas a cada especie. Específicamente, se encontraron 34 ASVs bacterianos los cuales se clasificaron como bacterias del género Acinetobacter, Mycoplasma, Massilia, Sphingobium, Pseudomonas, Aeromonas, Shewanella, Escherichia o Shigella, Jeotgalicoccus, Weeksella, Moheibacter, Cruoricaptor, Paracoccus, Stenotrophomonas, Wolbachia y de familia Rhizobiaceae, de las cuales muchas de ellas ya se han reportado como patógenos en humanos, por lo que destacamos su posible potencial zoonótico. La mayor diversidad de bacterias se reportó en las muestras de S. mystax y detectó una amplia distribución de Mycoplasma en todas las especies de primates trabajados aquí.
Caracterización de la diversidad genética poblacional del bovino criollo peruano Bos taurus, en siete localidades de Los Andes del Perú, mediante PCRSSCP
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Risco Sotelo, Roger Oliver; Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth; Vallejo Trujillo, Adriana Rocío
Se buscó caracterizar la diversidad genética poblacional del Bovino Criollo Peruano (BCP) basado en el polimorfismo de la región hipervariable I (HVRI). Se colectaron 510 muestras (entre folículos pilosos y sangre) procedentes de los departamentos de Puno, Ayacucho, Apurímac, Huancavelica, Junín, Ancash y La Libertad. Se amplificó un fragmento de la región HVRI (262 pb) y se analizaron las muestras mediante PCR-SSCP y secuenciación. Se reportan 26 perfiles SSCP correspondientes a 26 secuencias únicas, y 5 haplotipos nuevos. Mediante comparación con los haplogrupos bovinos mundiales se encontró un doble origen europeo y africano del BCP, con predominio del haplogrupo europeo T3 en expansión poblacional. Esto confirma la conservación del acervo genético de los primeros animales llegados de Europa durante la colonización. La diversidad genética encontrada total fue de 0.817 ± 0.016, destacando altos índices en las poblaciones de Ancash (0.918 ± 0.018) y Apurímac (0.858 ± 0.033). Se recomienda considerar a Ancash y Apurímac como núcleos genéticos, para iniciar programas de conservación y mejoramiento del ganado. Así mismo, no se encontró correspondencia entre distancias genéticas y geográficas (Rxy=0.016), mientras que el 79.78% de la variación genética fue intra-poblacional. Esto evidencia ausencia de estructura genética y sugiere la presencia de flujo génico constante entre las poblaciones estudiadas. Finalmente, se demuestra la utilidad de la técnica PCR-SSCP, de bajo costo y optimizada en este estudio, para estudios genéticos poblacionales en ganado doméstico.
Caracterización in silico del anticuerpo monoclonal humano mhAb11421 neutralizante del virus Dengue 2 con potencial uso inmunoterapéutico
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Ojanama Cruz, Brenda; Mayta Huatuco, Egma Marcelina
Caracteriza a nivel molecular el mhAb1142 contra el virus del dengue 2 (DENV-2) haciendo uso de herramientas bioinformáticas. Primero, se describe la estructura primaria del mhAb11421 usando ExPASyProtparam. Segundo, se predijo las regiones determinantes de complementariedad (CDRs) del mhAb11421 mediante los postulados de Kabat, Chothia e IMGT. Tercero, se modela el mhAb11421 empleando los servidores Alphafold2, Swiss model, Rosie y Phyre2 y estos se validaron con Procheck, Errat y Verify3D. Por último, se realizó el acoplamiento molecular entre el mhAb11421 y sE DENV-2 (PDB 1OKE) con Cluspro y Alphafold2multímero. Los resultados de la caracterización in silico del mhAb11421 contribuyó al análisis de su estructura primaria, identificación de su estructura terciaria, determinación de CDRs GFNLYSY (CDR-H1), SPSSGY (CDR-H2), YYWSSFALDY (CDR-H3), RASQSVSSAVA (CDR-L1), SASSLYS (CDR-L2), QQSYAYYSALFT (CDR-L3) (según Chothia) y al reconocimiento de la cresta lateral del dominio II del sE DENV-2 como región de interacción del anticuerpo. Esta caracterización del mhAb11421 permite proyectar su uso como potencial inmunoterapéutico contra el DENV-2.
Estudio y análisis bioinformático de mutaciones en la proteína nsp12 presentes en las variantes de SARSCoV- 2 obtenidas durante la segunda y tercera ola de pandemia en la Región Callao-Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Huaman Sanchez, Bryan Alexander; Barletta Carrillo, Claudia Fiorella; Sovero Zavaleta, Merly Milagros
La pandemia de COVID-19, causada por el virus SARS-CoV-2, ha afectado significativamente al mundo. El Perú no ha sido una excepción, y especialmente la región del Callao, área crítica debido a su naturaleza como punto de convergencia internacional, radicando allí la importancia de una constante vigilancia genómica. Este nuevo coronavirus posee un complejo de replicación, siendo la nsp12 el componente principal, altamente conservada, sin embargo, se han reportado mutaciones en esta región que podrían alterar la tasa de mutación del SARS-CoV-2, lo que podría provocar una evolución más rápida del virus. Por ende, el presente trabajo se centró en la proteína nsp12 con el objetivo de identificar, describir y referenciar las mutaciones en las regiones nucleotídicas y aminoacídicas, comparándolas con variantes y clados conocidos de SARS-CoV-2. Para tal motivo, se utilizó el genoma de 1181 muestras positivas a SARS-CoV-2 provenientes de centros de salud de la región Callao, enfocándose en la identificación de patrones de mutación y su posible correlación con cambios fenotípicos del virus basándose netamente en la literatura. Se encontraron mutaciones recurrentes tanto sinónimas como no sinónimas, destacando P323L y G671S. Finalmente se resalta la importancia de un constante monitoreo de esta proteína tan relevante para el SARS-CoV-2.
Identificación de genes involucrados en la resistencia a cadmio (Cd2+) en muestras de Senecio ochoanus Cuatrec. colectadas en la relavera Yanamate-Cerro de Pasco
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Tineo Guevara, Miguel Alexander; Oré Chávez, Daniel Saúl
Identifica genes involucrados en la resistencia a cadmio en muestras de Senecio ochoanus Cuatrec. colectadas en la relavera Yanamate, mediante el diseño primers y la amplificación de regiones de ADN correspondiente a genes homólogos que permitan evaluar su expresión génica. En este estudio se halló que la especie S. ochoanus Cuatrec. presenta variantes de secuencia entre los genes de referencia para 5 especies del mismo género (S. aethnensis, S. baxteri, S. chrysanthemifolius, S. eborancensis y S. vernalis). Por otro lado, la variante más notoria registrada en esta investigación se encuentra en la región del gen Laccase 17 de Senecio ochoanus Cuatrec. que presenta una inserción de 7 nucleótidos consecutivos con respecto a las secuencias de referencia del género Senecio. Los resultados indican que los 4 genes de resistencia a cadmio evaluados (RAP2, PAL1, CELSYNA1y LAC17), presentan cambios a nivel de secuencia nucleotídica a pesar de ser especies del mismo género. El ensayo de amplificación de las regiones de interés en ADNc proveniente de individuos estresados con cadmio demuestra la utilidad de los primers diseñados en este estudio.
Patrones biogeográficos y diversidad genética de peces de agua dulce en subcuencas hidrográficas del Amazonas usando minería de datos
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Bedoya Benites, Kiefer Andre; Ramirez Malaver, Jorge Luis
Evalúa patrones biogeográficos entre las subcuencas hidrográficas del Amazonas mediante el análisis de secuencias obtenidas en bases de datos de código de barras de DNA. Se recopiló información geográfica de HydroSHEDS (www.hydrosheds.org) y datos genéticos (BINs) de BOLD Systems (www.boldsystems.org) de 13 órdenes de la clase Actinopterygii. Tras la obtención, filtrado, procesamiento y evaluación de los datos se ubicaron en total 645 BINs con 3373 secuencias, combinando el registro de coordenadas presentes en BOLD Systems y la revisión de más de 500 artículos científicos. Fueron propuestas tres métricas de distancias genéticas intraBIN como estimadores de la variabilidad de las subcuencas; mostrando menor divergencia en Negro y Tocantins y mayor en Tapajós y Trombetas. Adicionalmente, la comparación entre subcuencas distinguió dos agrupaciones que minimizan la divergencia interna: (1) Xingú y Tocantins y (2) Alto Amazonas, Negro, Madeira. Los resultados obtenidos son concordantes con investigaciones previas. Estas agrupaciones respaldan la hipótesis de una subdivisión este-oeste en la cuenca Amazónica desde un aspecto genético y con amplia cobertura taxonómica. La baja representación de BINs en ciertas subcuencas, causada por la presencia de información incompleta en BOLD, supuso un factor limitante. Por ello, se recomienda intensificar el trabajo en estas regiones para robustecer futuros análisis.
Efectos potenciales del cambio climático en la distribución geográfica de palmeras amazónicas y efectividad de las áreas naturales protegidas
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Torres Roncal, Luis Alberto Alexis; Alvez Valles, Carlos Mariano
Las palmeras amazónicas son especies de gran importancia ecológica y económica. Estas especies crecen en climas tropicales húmedos, además requieren una alta disponibilidad de agua y una temperatura adecuada para prosperar. Sin embargo, un problema que se ha intensificado desde el siglo pasado es el cambio climático que tiene un impacto sobre la distribución geográfica de estas especies. En este trabajo se buscó determinar el impacto potencial del cambio clim·tico sobre la distribución de las palmeras amazónicas y evaluar la efectividad de las Áreas Naturales Protegidas (ANPs). Se utilizaron tres (03) algoritmos estadÌsticos para el modelado de distribución de especies (SDM), para ello se obtuvo el Área bajo la curva (AUC, por sus siglas en inglés) para evaluar la calidad de los modelos, observándose modelos robustos. Se sobrepuso el modelo de distribución de especies con las delimitaciones de las ANPs y se estimó la presencia y grado de protección de las especies de palmeras por medio del método de particionamiento de varianza. Los resultados revelan que la distribución actual de las palmeras amazónicas está influenciada por factores ambientales como la precipitación, la calidad del suelo y la disponibilidad de oxígeno en el sistema radicular y que el cambio climático podría reducir su distribución, especialmente en el norte de la región. Las ANPs han demostrado ser eficaces en la conservación de estas especies, con un 85.88% de las especies registradas dentro de ellas. Sin embargo, se observan diferentes niveles de vulnerabilidad entre las especies, lo que implica la necesidad de enfoques de conservación diferenciados. Esta tesis destaca la importancia de tomar medidas de conservación y mitigación para garantizar la supervivencia de estas especies esenciales para la biodiversidad local y la mitigación del cambio climático y la necesidad de enfoques integrales que consideren especies amenazadas y no protegidas en ANPs.
Evaluación de los niveles de expresión génica de ECA2 y HIF-1α en la cavidad bucal y su posible asociación en la severidad de la enfermedad COVID-19
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2024) Juscamaita Bartra, Romina Alexandra; Sandoval Peña, Gustavo Adolfo; Santolalla Robles, Meddly Leslye
Evalúa el perfil de expresión génica de ECA2 y HIF-1α, y explorar su posible utilidad como biomarcadores de severidad de COVID-19 en la población peruana con la metodología de RT-qPCR. Además, se evaluó la relación entre ambos genes en las células de la cavidad bucal. El diseño del estudio fue de caso-control pareado e involucró 42 muestras de hisopados bucales de pacientes con diagnóstico positivo de COVID-19 (21 casos y 21 controles). Los casos fueron pacientes con COVID- 19 severo o crítico, y los controles con COVID-19 moderado y leve. Se evidenció que los niveles de expresión de ECA2 y HIF-1α no presentan diferencias entre los casos y controles. También se observó en los controles, que a mayor nivel de HIF-1α se incrementan los niveles de ECA2, pero no se evidenció una clara relación entre estos dos genes para los casos evaluados. Por lo expuesto, se concluye que si bien la expresión de dichos genes está asociada con la enfermedad de la COVID-19 en la población peruana, no podrían ser utilizados como biomarcadores de severidad. Este es el primer estudio en el que se ha evaluado la relación de ambos genes en la cavidad bucal de pacientes con COVID-19, por lo que la información obtenida ayuda a esclarecer la patogénesis molecular a nivel local.

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