Maestría Facultad de Ciencias Biológicas

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    Análisis de la diversidad genética y caracterización del genoma mitocondrial completo del “churo gigante” Pomacea reevei Ampuero & Ramírez 2023 (Mollusca: Ampullariidae) de la Amazonía Peruana
    (Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2023) Mendivil Malpica, Alejandro; Ramírez Mesías, Rina Lastenia
    Evalúa la diversidad genética poblacional del “churo gigante“ Pomacea reevei en base a secuencias de COX1, 16S rRNA y marcadores ISSR, sugiriendo que esta especie posee una diversidad genética extremadamente baja. Para ello, se realiza la secuenciación del genoma mitocondrial mediante Next Generation Sequencing. El mitogenoma fue ensamblado exitosamente con una longitud de 15660 pb y se identificaron los elementos típicos de la mitocondria animal: 13 genes codificantes de proteínas, 22 ARN de transferencia y dos ARN ribosomales. Aunque se diseñaron primers para recuperar la región control completa de P. reevei, la secuencia recuperada corresponde al extremo 5’ del gen COX3, probablemente debido a la presencia de segmentos mitocondriales en el genoma nuclear de Pomacea. Los análisis de composición nucleotídica mostraron diferencias en los valores de contenido AT, AT-skew y GC-skew para los diferentes conjuntos de elementos anotados sugiriendo que la presión selectiva ha sido diferente sobre ellos, mientras que las diferencias en las distancias genéticas entre los genes codificantes de proteínas sugieren que genes variables como NAD3, NAD4 y NAD5 podrían ser alternativas a COX1 y 16S rRNA para evaluar la variación poblacional en el “churo gigante“. La comparación del mitogenoma del churo gigante con el de otras especies de Pomacea ha permitido descubrir diferencias en la superposición de genes adyacentes, en el tamaño de varios genes codificantes de proteínas, y en la estructura secundaria de algunos tRNA, que son coherentes con las relaciones filogenéticas entre estas especies.
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    Filogeografía de Systrophia helicycloides : el reflejo de la dinámica del bosque lluvioso tropical en los genes 16S rRNA y COI de moluscos terrestres
    (Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2010) Romero Condori, Pedro Eduardo; Ramírez Mesías, Rina Lastenia
    Systrophia helicycloides (d’Orbigny, 1835) es un molusco terrestre con amplia distribución en la cuenca de los ríos Los Amigos y Bajo Madre de Dios (Dept. Madre de Dios, Perú), que habita principalmente zonas inundables. Su distribución asociada a su poca vagilidad la hace un modelo para el estudio de la inferencia de procesos biogeográficos en la Amazonia peruana a partir de la estructura genética de sus poblaciones. El objetivo principal de esta investigación fue determinar la relación entre la estructura genético-poblacional del molusco y los cambios dinámicos que ocurren en el bosque lluvioso tropical. Para ello se realizaron colectas en las zonas de Los Amigos (CICRA. CM1) y Bajo Madre de Dios (estaciones de la Asociación Inkaterra en Palmereto, Gamitana y Concepción). Los individuos vivos fueron utilizados para la extracción de DNA total a partir del tejido muscular del pie. Se amplificaron y secuenciaron porciones de los genes mitocondriales 16S (subunidad mayor del rRNA) y COI (Citocromo c oxidasa subunidad I). Se obtuvieron 46 secuencias para un fragmento del gen 16S rRNA y 9 para COI. El alineamiento múltiple de secuencias del 16S rRNA presentó 353 posiciones de las cuales 190 eran sitios conservados, 119 variables y 69 sitios informativos; para el caso de COI se obtuvieron 706 sitios, 513 posiciones conservadas, 193 variables y 124 informativas. Las relaciones filogenéticas intraespecíficas mostraron la presencia de tres linajes diferentes dentro de las poblaciones de S. helicycloides: (1) Linaje 1 con haplotipos restringidos a una cuenca o distribuidos en ambas, (2) Linaje 2 con haplotipos principalmente de la cuenca de Los Amigos, y (3) Linaje 3 con haplotipos altamente divergentes provenientes de la zona de Inkaterra (Palmereto). No existe una fuerte estructura geográfica de la diversidad genética. La estructura genética encontrada ha sido provocada por los cambios dinámicos en el bosque tropical. Los cambios geoclimáticos históricos habrian producido la diferenciación entre los linajes y la dinámica actual representada por los ríos amazónicos puede haber influenciado la distribución de la diversidad genética.