Maestría Facultad de Ciencias Biológicas

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Caracterización molecular mediante marcadores ISSR de una colección de 50 árboles clonales e híbridos de cacao (Theobroma cacao L.) de la UNAS-Tingo María
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2009) Chia Wong, Julio Alfonso; Suni Ninataype, Mery Luz
Los programas de mejoramiento genético requieren de herramientas versátiles y de bajo costo que permitan lograr en menor tiempo nuevas variedades. En el caso del cacao, se disponen de una serie de técnicas moleculares que facilitan el trabajo al fitomejorador. Sin embargo, la utilidad y conveniencia de tales, serán elegibles dependiendo de las condiciones y objetivos del trabajo. Por este motivo, se trazaron los objetivos de ensayar los marcadores ISSR, determinar su poder discriminante y determinar parámetros de diversidad genética en una colección de cacao de Tingo María. Ésta consistió en 50 individuos o accesiones, de diversas procedencias genéticas y geográficas. El ISSR es una técnica basada en PCR que amplifica el fragmento entre dos secuencias de microsatélites, utilizando un iniciador complementario a éstos. Las muestras fueron colectadas en la provincia de Leoncio Prado (región de Huánuco) donde los árboles de cacao se mantienen en dos ubicaciones: el Banco de Germoplasma de la Universidad Nacional Agraria de la Selva y de la Estación Experimental Agrícola Tulumayo. Según el origen geográfico, se separaron 44 accesiones en dos poblaciones y once subpoblaciones. Las restantes seis accesiones no fueron incluidos en el análisis poblacional dado su origen híbrido. Se colectaron hojas sanas de uno o dos árboles clonales y se almacenaron en silicagel. Se determinaron preliminarmente los protocolos adecuados de extracción de ADN, PCR, y electroforesis con 4 accesiones: ICS1, CAT4, U70 y EET223; se experimentaron con estos genotipos con 59 iniciadores ISSR disponibles en las mismas condiciones PCR. Resultaron 13 primers ISSR con un perfil de amplificación aceptable, de los cuales se eligieron los 5 mejores para amplificar las 50 muestras. El análisis de datos se hizo con dos grupos de datos: un grupo abarcó los 50 OTUs totales y el otro grupo consistió en 6 híbridos Bioversity/UNAS con sus 11 parentales (total: 17). El análisis multivariado y genético se realizó utilizando tres paquetes estadísticos: NTSYSpc v2.1p, Arlequín v3.1 y POPGENE v1.32. Con el primer programa, se realizaron los análisis de agrupamiento (UPGMA-Jaccard) y ordenación (PCoA y nmMDS), así como los de validación (prueba de Mantel), logrando una diferenciación de cacao Nacionales vs. Internacionales, así como una distribución espacial entre parentales y su respectiva progenie.
Proporción de ADN autosómico total y de cromosoma Y en la selección del análisis de ADN STR en muestras de víctimas de agresión sexual
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2025) Llamocca Tomaylla, Edher; Barletta Carrillo, Claudia Fiorella
Las muestras forenses de agresión sexual, comúnmente incluyen hisopados y láminas con frotis. Factores como la contaminación o la mezcla de células epiteliales y espermáticas con proporciones desiguales de ADN femenino y masculino, pueden afectar a la concentración óptima de ADN objetivo y a la amplificación de los marcadores STR para la obtención del perfil genético del agresor. El objetivo de este estudio fue evaluar en qué medida la proporción entre el ADN autosómico total y de cromosoma Y influye en la selección del tipo de análisis STR en muestras de víctimas de agresión sexual. Para tal efecto, se analizó la concentración del target de ADN autosómico total [Auto] y el target de cromosoma Y [Y] mediante qPCR, en función de su proporción o ratio [Auto]/[Y] para la selección del estudio de STR autosómico o Y-STR. Fueron analizadas 240 muestras (171 hisopados y 69 láminas) las cuales arrojaron perfiles genéticos STRs autosómicos mezcla (perfil genético con más de un contribuyente en la muestra). Se observó una mayor concentración de ADN en el soporte hisopo que en lámina(p<0,05). Los casos seleccionados para el análisis con STR autosómicos presentaron valores más altos de concentración de [Y] y menores valores del ratio [Auto]/[Y]. En estos casos, la concentración del ADN del cromosoma Y se sitúa entre 1,2 ng/µL y 2,4 ng/µL, y la proporción [Auto]/[Y] varía entre 4,2 y 6,1; ambos corresponden a intervalos de confianza del 95 %. En los casos con proporciones de [Auto]/[Y] mayores a 6,1 se eligió el análisis con marcadores Y-STR. El tipo de soporte y los valores de la proporción de concentración del ADN contribuyen a la toma de decisiones para seleccionar el tipo de análisis genético STR adecuado.
Validación de qPCR para identificar peces marinos empleados en conservas y productos congelados en el Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019) Mora Chió, Marcela; Sandoval Peña, Gustavo Adolfo
Ante la dificultad para identificar morfológicamente las especies de peces utilizadas en productos procesados, se requiere validar una PCR en tiempo real para detectar fragmentos de ADN de peces marinos altamente degradados y con presencia de inhibidores en conservas y productos congelados. Se optimizó una PCR en tiempo real utilizando el fluorocromo SYBRGreen I y curvas de disociación para la identificación de cada especie por Temperatura de Melting. Post–validación, se evaluaron molecularmente 157 muestras de conservas y productos congelados de peces marinos comercializados en el país. La alta especificidad, sensibilidad y exactitud (100%) del método validado permite detectar ADN degradado a 121 ºC por 30 minutos con una sensibilidad de 0,01%. El 100% de las conservas evaluadas presentaron ADN de peces marinos no descritos en la etiqueta, a excepción de las conservas Europeas que sólo presentaron ADN de la especie descrita. El método validado permite la identificación molecular de peces marinos empleados en conservas y productos congelados en el país.

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