Identificación de especies de coronavirus en primates no humanos procedentes de centros de rescate de la Amazonía peruana

Abstract

Los coronavirus (CoV) son un grupo de virus de genoma ARN de sentido positivo con gran capacidad de mutación y salto de barreras entre especies, incluso con potencial zoonótico. Un ejemplo de ello es el Síndrome Respiratorio Agudo Severo del Coronavirus tipo II (SARS-CoV- 2) que provocó la pandemia de COVID-19. Sin embargo, la vigilancia epidemiológica de coronavirus en animales silvestres de la Amazonía es escasa, sobre todo en nuestro medio. El objetivo de este estudio fue detectar CoV en primates no humanos (PNH) mediante detección por PCR usando primers genéricos para todos los virus de la familia Coronaviridae y posterior secuenciación, en muestras fecales recolectadas de 76 PNH mantenidos en condiciones de cautiverio y semicautiverio procedentes de los departamentos de Ucayali, Madre de Dios y Loreto durante agosto de 2022 y febrero de 2023. Todas las muestras de heces resultaron negativas a la detección de coronavirus por PCR. Sin embargo, se detectó un segmento del gen del ARN polimerasa dependiente (RdRp) del SARS-CoV-2 mediante secuenciación metagenómica en un pool de heces de monos machines blancos (Cebus unicolor) en cautiverio de un centro de rescate en Bello Horizonte, Ucayali. El análisis filogenético confirmó que la secuencia parcial recuperada del gen RdRp coincidía con el genoma del SARS-CoV-2. Se concluye de este estudio que los monos capuchinos blancos (C. unicolor) de esta región estaban infectados con SARS-CoV-2, siendo probablemente el contacto con trabajadores del centro la principal vía de transmisión. Ello enfatiza la importancia en la vigilancia continua para la detección temprana de nuevas variantes del SARS-CoV-2 en animales silvestres de la Amazonía Peruana.