Diversidad genética de las diferentes especies de coronavirus en alpacas (Vicugna pacos) y llamas (Lama glama) de comunidades campesinas en el departamento de Cusco

Abstract

El género Coronavirus (CoV) incluye especies que afectan al hombre y animales. Estos virus causan enfermedades respiratorias y hacen parte del Complejo diarreico neonatal de los camélidos sudamericanos, causando elevada mortalidad. El objetivo del presente estudio fue detectar y caracterizar molecularmente las diferentes estirpes de coronavirus que circulan en crías de alpacas y llamas de 3 comunidades campesinas del Cusco, para poder develar datos epidemiológicos y la diversidad genética viral en este nicho ecológico. Se colectó en total 112 muestras, 80 de heces y 32 de lavado pulmonar, de las cuales 100 fueron de alpacas y 12 de llamas. Se extrajo el ARN viral y luego, mediante RT-PCR y PCR anidada se amplificó una región conservada del gen ARN dependiente de la ARN polimerasa viral (RdRp), común a todos los géneros de CoV conocidos (PanCoV). Luego se identificó el género Betacoronavirus, subgénero Embecovirus, mediante RT-PCR anidada. Además, por RT-PCR, se amplificó el gen de la espícula (S) completa o parcial (región hipervariable, S1). Luego se secuenció los amplificados para determinar el género, subgénero y especie de coronavirus. 100 (89.3%) del total de muestras fueron CoV positivas, donde el 87.5% (70/80) y el 93.8 (30/32) fueron entéricas y respiratorias, respectivamente. Se detectó 98 mono infecciones y 2 coinfecciones (β- y α-CoV y βCoV y un CoV sin clasificar). El secuenciamiento del gen RdRp identificó 33 cepas del género β-CoV, subgénero Embecovirus y 2 α-CoV, subgénero Decacovirus. Además, 2 cepas mostraron estrecha relación con Megaderma BatCoV. El secuenciamiento del gen de la espícula (S) mostró un 98-100% de identidad con cepas de origen bovino (BcoV-Like). Se reporta una alta frecuencia de CoV, así como una alta diversidad genética de géneros y subgéneros infectantes en los que predominó el género β-CoV subgénero desconocido y en menor medida el subgénero Embecovirus especie BCoV-Like. Nuestros datos también sugieren un nuevo papel para los murciélagos en la diseminación y transmisión de CoV poco comunes a las alpacas criadas en las zonas rurales de la Provincia de Canchis, departamento del Cuzco.