Identificación molecular de coronavirus en mamíferos y aves silvestres incautados y hallados por el Servicio Nacional Forestal y de Fauna Silvestre (SERFOR) en Lima, Perú

Abstract

Los coronavirus infectan una amplia variedad de animales y humanos; originando enfermedades de leve a grave intensidad. Desde las emergencias sanitarias de los coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV), coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV) y el coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV 2), se ha conocido el potencial del virus para cruzar la barrera interespecies. El presente estudio tuvo como objetivo identificar molecularmente las especies de coronavirus presentes en animales silvestres incautados y hallados por el Servicio Nacional Forestal y de Fauna Silvestre (SERFOR) en Lima, Perú. Se colecto muestras de mucosa mediante hisopados orofaringeos y rectales o cloacales de mamíferos y aves silvestres, respectivamente. Mediante un protocolo de RT-PCR, se emplearon iniciadores que amplificaron la región ORF1ab. El estudio incluyo 28 mamíferos y 131 especies de aves. Pancoronavirus fue detectado en 14.3% y 4.6 % de muestras de mamíferos y aves respectivamente. En mamíferos, las muestras positivas pertenecían al género Alphacoronavirus, el análisis de la secuencia parcial de la región ORF1ab reveló que nueve secuencias pertenecían al subgénero Pedacovirus y compartían hasta 100 % de identidad de nucleótidos con el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV). Las secuencias amplificadas provenientes de aves dieron positivo a Deltacoronavirus (n = 1), Gammacoronavirus (n = 2) y Alphacoronavirus (n = 3). El análisis filogenético reveló que los coronavirus en aves tuvieron una similitud de 99.03 %, 97.5% y 99.1 % con el coronavirus del halcón Peregrino, el coronavirus del pato y el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV), respectivamente. Se concluye que la diversidad de coronavirus en mamíferos silvestres demuestra la dinámica de la evolución y circulación del virus en estas especies, sugiriendo plantear estrategias de vigilancia filogenética del coronavirus para prevenir futuras epidemias.