Facultad de Ciencias Biológicas

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Análisis de los tipos capsulares de Campylobacter jejuni (Jones et al. 1931) Véron and Chatelain 1973, de una comunidad amazónica y el pueblo joven costero de Pampas de San Juan de Miraflores, en razón a las frecuencias globales
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2020) Rojas Rivero, Jesús Daniel; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Campylobacter jejuni (Jones et al. 1931) Véron and Chatelain 1973, es la primera causa de diarrea bacteriana en el mundo. La técnica de serotipificación desarrollada por Penner es el gold estándar para la tipificación de este microorganismo, siendo la cápsula polisacárida (CPS) el principal serodeterminante. La CPS es uno de los principales factores de virulencia de C. jejuni y uno de los más estudiados; se sabe que la CPS se encuentra asociada al síndrome de Guillain – Barré (SGB) y puede ser considerada un biomarcador de éste. Además, una vacuna conjugada capsular se encuentra en desarrollo y requiere la determinación de su valencia. En la actualidad la distribución de los tipos capsulares circulantes en el mundo se encuentra pobremente descrita. El objetivo de este estudio fue determinar las frecuencias de los tipos capsulares circulantes en Perú y compararlos con las frecuencias observadas a nivel mundial; además, se evaluó la relación de las cápsulas con la edad, sintomatología y lugar de estudio. Se utilizó un PCR múltiple para detectar los tipos capsulares en aislamientos de C. jejuni de muestras diarréicas y no diarréicas de dos poblaciones pediátricas, una del PP.JJ. Pampas de San Juan de Miraflores, Lima, y otra de la Comunidad Santa Clara de Nanay, Loreto, Perú. Los resultados mostraron que los tipos capsulares complejo HS4 (12,3 %), complejo HS3 (10,8 %), HS15 (8,7 %), HS41 (5,6 %), HS10 (5,4 %), complejo HS8/17 (5,2 %) y HS2 (5 %) fueron los más prevalentes. No se observaron diferencias significativas entre las frecuencias en Perú y a nivel mundial de los tipos capsulares complejo HS1/44, HS2, complejo HS4 y complejo HS23/36, no así con los tipos capsulares complejo HS3 (p < 0,001), HS15 (p < 0,001) y HS53 (p = 0,018). No se observaron diferencias estadísticas significativas entre las proporciones de tipos capsulares observadas en sintomatología, lugar de estudio ni edad de los participantes, no obstante, se observó un mayor riesgo de infección por el tipo capsular HS15 en función de la edad. El 85 % de los participantes tuvieron reinfecciones con distintos tipos de CPS, lo cual sugiere que las CPS podrían conferir un cierto nivel de inmunidad protectora homóloga. Se necesita llevar a cabo más estudios para contribuir al conocimiento sobre la distribución de los tipos capsulares que permitan determinar sus frecuencias en nuestra región, determinar qué tipos capsulares asociados al SGB se encuentran circulando en la sociedad y llevar a cabo estudios epidemiológicos que permitan tomar las acciones preventivas pertinentes ante este microorganismo.
Asociación de las poblaciones de vibrio con las mareas rojas en el litoral peruano
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2015) Orozco Moreyra, Rita Esther; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La incidencia de las mareas rojas y la presencia de las especies de vibrios durante la ocurrencia de estos eventos constituyen una amenaza al desarrollo de la maricultura y a los bancos naturales de recursos bentónicos, sobre todo en las áreas someras. En el litoral peruano, las mareas rojas ocurren de manera recurrente durante la primavera y verano, y su tiempo de permanencia está sujeto a los cambios de las condiciones ambientales. Durante estos eventos se presentan algunas especies de Vibrio sp. con características patogénicas y toxigénicas que afectan a los organismos acuáticos y la salud humana, por lo que durante 2010 y 2012 se estudió la distribución temporal y espacial de vibrios marinos durante los eventos de mareas rojas en las bahías de Sechura, Callao, Pisco y San Nicolás-Marcona; esta última, considerada como control, porque son escasos los reportes de mareas rojas. Se observaron densidades bajas (<106 cel/L) de organismos que causan mareas rojas nocivas. El dinoflagelado Akashiwo sanguinea y el ciliado Mesodinium rubrum fueron observados en la zona del Callao; Akashiwo sanguinea, Mesodinium rubrum y Prorocentrum minimum, en Pisco; la diatomea Pseudo-nitzchia pungens y el dinoflagelado Dinophysis rotundata, en Sechura. También se observó la predominancia de la especie cosmopolita Vibrio alginolyticus en todas las áreas. En menor número, las especies V. vulnificus y V. parahaemolyticus en Pisco y Callao asociadas a temperaturas cálidas; estas últimas son conocidas por ser patógenas y provocar severas intoxicaciones en los seres humanos, por el consumo de mariscos o pescado crudos. El índice de correlación R varió entre 0,5 y 0,6, lo que indica la relación significativa entre mareas rojas, Vibrio sp. y factores ambientales.
Calidad microbiológica de la Bahía de Sechura en asociación con la maricultura de la “concha de abanico”, en los años 2007 y 2014
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2015) Samanez Sarmiento, Joel Augusto; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Orozco Moreyra, Rita Esther
Se determina la calidad microbiológica de la bahía con dos monitoreos, los meses escogidos son mayo y octubre del 2014, con la finalidad de determinar si los indicadores microbiológicos se encuentran dentro de los estándares de calidad ambiental para aguas, en especial aquellas destinadas para la producción de moluscos bivalvos. Se seleccionan un total de 33 estaciones por mar y línea costera en mayo y 44 estaciones en octubre. Se determina la cantidad de coliformes mediante la técnica de diluciones en tubo múltiple (NMP). Se encuentran valores de coliformes que sobrepasan los estándares sólo en el mes de mayo, registrándose valores de 8,0 x 10 NMP/100mL y 2,4 x 103 NMP/100mL de Coliformes totales por agua de mar y por línea de costa, respectivamente. En octubre los valores obtenidos de coliformes no exceden los límites correspondientes. Se determinan parámetros físico-químicos como temperatura, pH, salinidad, oxígeno disuelto, nutrientes, DBO5, sulfuros de hidrógeno y sólidos suspendidos totales. Se observa un pequeño descenso de la temperatura de mayo (22.3°C) a octubre (17.3°C), a nivel superficial, la salinidad varia de 34,839 a 35,128 ups; los valores de pH fluctuaron de 7,52 a 8 en mayo y de 7,16 a 8,25 en octubre. Los valores de DBO5 hallados se encuentran dentro de los estándares de calidad (10mg/L), al igual que los valores de oxígeno disuelto (4 mg/L). Los niveles de sulfuro de hidrógeno varían desde no detectado a 0,01 mg/L, por contraparte, los resultados de sólidos suspendidos totales superan ampliamente los estándares (30 mg/L) encontrándose en mayo el valor máximo de 119,90 mg/L y para octubre el máximo valor es de 71,29 mg/L. La información obtenida del presente trabajo es comparada con la del Estudio de Línea Base Ambiental del año 2007, observándose que la calidad ambiental de la Bahía de Sechura ha tenido una mejora significativa desde el 2007 hasta la actualidad, lo que favorece a una acuicultura sostenible, siempre y cuando las autoridades implementen normativas que ayuden a mantener la calidad higiénico-sanitaria de dicha bahía.
Caracterización de bacteriófagos nativos candidatos a fagoterapia en infecciones causadas por Pseudomonas aeruginosa resistente a antibióticos y productoras de biopelícula
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019) Llanos Rosales, Carlos Daniel; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Describe fagos específicos para Pseudomonas aeruginosa resistentes a antibióticos y productoras de biopelícula. Se aisló P. aeruginosa a partir de muestras de pacientes hospitalizados de dos centros de salud. Se determinó, su nivel de resistencia antibiótica, producción de biopelícula y presencia de profagos. Posteriormente se aislaron fagos nativos a partir de efluentes hospitalarios y se determinó su rango de hospedero (capacidad de infectar a cepas MDR y productoras de biopelícula). Debido a sus características morfológicas en la formación de placa y su amplio rango de hospedero, se seleccionó el fago ФMARC-GA para una caracterización microbiológica. Éste presentó un periodo de latencia de 40 minutos y un tamaño de explosión aproximado de 100 fagos, con morfotipo C1 perteneciente a la Familia Podoviridae del Orden Caudovirales. Las características del bacteriófago lo presentan como un candidato con gran potencial para fagoterapia en infecciones recalcitrantes ocasionadas por P. aeruginosa MDR y productora de biopelícul.
Caracterización Fenotípica y Molecular de Cepas de Yersinia Ruckeri Aisladas de Oncorhynchus Mykiss, del Centro Piscícola “El Ingenio” – Huancayo
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Bueno Mendizábal, Hamilton Chen; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La demanda de trucha arco iris en nuestro país se ha incrementado significativamente en estos últimos años, por ello la industria dedicada al cultivo de esta especie también ha incrementado su número, y los que ya se dedicaban a esta actividad se han visto en la necesidad de aumentar la producción de truchas cultivadas. La enfermedad entérica de la boca roja es una de las principales enfermedades que afectan al cultivo de las truchas, generando grandes pérdidas económicas, el agente etiológico es la bacteria Yersinia ruckeri, la cual se transmite de un pez a otro por contacto y a través del agua. La presente investigación tuvo como objetivo, aislar y caracterizar a nivel fenotípico y molecular estirpes de Yersinia ruckeri en truchas arco iris obtenidas en el centro piscícola “El Ingenio” – Huancayo, para incrementar el conocimiento de la biología de este agente patológico, y relacionar las estirpes aisladas a partir de peces con sintomatología de enfermedad, con las aisladas a partir de peces sin sintomatología de enfermedad. El presente estudio se desarrolló en el Centro Piscícola “El Ingenio”- Junin y en el laboratorio de Microbiología Molecular y Biotecnología de la UNMSM- Lima, en el año 2010. Se recolectaron peces con sintomatología de enfermedad entérica de la boca roja (EBR) y sin sintomatología de ésta, identificándose a través de pruebas bioquímicas, 34 cepas presuntivas de Y.ruckeri y confirmándose por PCR, 30 de ellas; todas las cepas identificadas pertenecen al biotipo 1. Se realizaron pruebas de susceptibilidad antimicrobiana encontrándose cepas resistentes a ácido oxolínico, cloranfenicol, tetraciclina y amoxicilina; se reporta 4 cepas con resistencia múltiple. Para el análisis genético molecular se utilizó las técnicas Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic PCR (REP-PCR) y extragenic repeating elements PCR (BOX-PCR), determinándose variabilidad intraespecífica tanto en cepas aisladas de peces con sintomatología como en peces sin sintomatología de la EBR. Palabras clave: Enfermedad entérica de la boca roja (EBR), Yersinia ruckeri, trucha arco iris, caracterización fenotípica de Y. ruckeri, caracterización molecular de Y. ruckeri.
Detección fenotípica de los mecanismos de resistencia a antibióticos betalactámicos en E. coli causante de infecciones urinarias en el Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013) Rios Rios, Oscar Jhian Gibran; Soto Pastrana, Javier Orlando; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Detecta fenotípicamente la producción de betalactamasas en E. coli causante de infecciones urinarias en el Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé, así como determinar los fenotipos tipo BLEE, AmpC y carbapenemasas, y sus respectivas prevalencias. Se realizó un estudio de tipo descriptivo de corte transversal sobre cepas de E. coli aisladas de muestras de orina en el Servicio de Microbiología durante los meses de marzo a septiembre de 2011, llevando a cabo los protocolos habituales de los urocultivos. Identificado el microorganismo se realizó la técnica Kirby Bauer para el antibiograma siguiendo los criterios de la CLSI para su realización e interpretación. Se tomaron en cuenta los antibióticos betalactámicos a estudiar así como los puntos de corte en la interpretación de los halos de inhibición de aztreonam (AZT), cefotaxima (CTX), ceftazidima (CAZ), cefoxitin (FOX), ceftriaxona (CRO), imipenem (IMI), meropenem (MEM) sirviendo éstos de screening para la posterior selección de las cepas de E. coli resistentes. Se realizó la prueba screening para BLEE según CLSI y prueba confirmatoria según SFM; para determinar AmpC se tomó en cuenta los criterios de la AAM y como pruebas confirmatorias el test de Hodge y sinergia de ác. borónico; para determinar carbapenemasas se tomó como screening la disminución en los carbapenems y como métodos confirmatorios el test de Hodge modificado con meropenem o ertapenem y sinergia con ác. borónico o EDTA según fue el caso. Durante el periodo de estudio se procesaron 3785 muestras de orina, de las cuales se obtuvo 495 muestras positivas a E. coli el uropatógeno de estudio. Del total de muestras positivas se obtuvieron 78 cepas productoras de BLEE, 8 cepas productoras de AmpC y ninguna cepa productora de carbapenemasa; con una prevalencia de 15.8 %, 1.6 % y 0 % respectivamente.Se obtuvo también la identificación presuntiva del tipo de enzima BLEE con el apoyo de reglas empíricas, encontrándose que 41 cepas tenían fenotipo CTX-M y 37 cepas fenotipo TEM o SHV, representando un 8.3 % y 7.5 % respectivamente del total de cepas positivas a la presencia de E. coli. Estos resultados corroboran los hallazgos obtenidos por publicaciones previas, que manifiestan una prevalencia del fenotipo BLEE como principal mecanismo de resistencia en E. coli, se encontró una baja prevalencia de AmpC y una nula prevalencia de carbapenemasas que corrobora con los reportes de nuestro medio. Esto evidencia el manejo y control ineficiente que se ha tenido con el uso de los antibióticos betalactámicos.
Determinación de la comunidad procariota por hibridación fluorescente in situ en el sedimento marino de la plataforma continental frente al Callao
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013) Cueva Lozano, Ernesto Braulio; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Gutiérrez Aguilar, Dimitri Alexey
Determina cualitativa y cuantitativamente la comunidad procariota en el sedimento marino superficial de un perfil oceanográfico de tres estaciones sobre la plataforma continental frente al Callao-Perú (12°S). Se determinaron parámetros fisicoquímicos como oxígeno disuelto, salinidad y temperatura. Asimismo, se determinó el contenido de clorofila-a y feopigmentos. Para estimar la densidad total y de cada grupo procariota se utilizó la tinción DAPI y la Hibridación Fluorescente In Situ (FISH) respectivamente. FISH detectó una gran fracción de la comunidad procariota dentro de los 10 primeros centímetros de sedimento. Utilizando 6 sondas para Bacteria; cuatro de las cuales son para las clases Alfa, Beta, Gamma y Deltaproteobacteria, una para el Phylum Planctomycetes y una para el cluster Cytophaga-Flavobacterium; se pudo afiliar desde el 15-30% hasta el 57-67% del total de células como pertenecientes a uno de estos grupos. Bacteria fue el más abundante (hasta el 72%) dentro de las comunidades procariotas, mientras que Archaea fue el menos abundante (en porcentajes ≤1.9%).
Determinación de la respuesta inmune a péptidos de superficie del merozoito de Plasmodium vivax, candidatos a vacunas, en individuos de una zona de baja endemicidad de la costa norte del Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Llacua Carrasco, Luis Alberto; Baldeviano Vidalón, Geral Christian; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Determina la seroprevalencia a tres péptidos sintéticos provenientes de proteínas del merozoito en una población con baja endemicidad a la malaria en la Costa Norte del Perú. Se llevó a cabo un estudio trasversal en 5 comunidades del Distrito de Bellavista, Provincia de Sullana, Departamento de Piura en 2010. Se enrolaron individuos de dos grupos etáreos: 1) Niños entre 6 y 8 años de edad (n=250), y 2) adultos entre 18 y 61 años de edad (n=247). Se estandarizaron tres ensayos de ELISA para detectar anticuerpos IgG and IgM contra tres péptidos (PvMSP1(20-39), PvAMA1(21-42) y PvDBP(400-414)), los cuales fueron usados como marcadores serológicos a malaria. Además, se usaron encuestas para colectar información sobre riesgo de exposición a la malaria. Se estandarizaron las condiciones óptimas para las tres pruebas de ELISA. Usando muestras controles positivas (pacientes semi-inmunes con infección P. vivax) y negativas (individuos provenientes de zonas no endémicas a malaria) se determinó que los anticuerpos IgG contra PvMSP1(20-39) presentan alta sensibilidad (86.7%) y especificidad (100%) para diagnosticar malaria. El análisis de la población en Bellavista reveló que casi una cuarta parte de los participantes (79/371; 21,3%) fueron seropositivos a por lo menos uno de los antígenos y el 8.7% (35/404) de los participantes fueron reactivos contra el péptido PvMSP1(20-39). Además, la seropositividad a alguno de los 3 péptidos fue significativamente mayor en individuos adultos comparado con niños (p<0.05). Asimismo, el porcentaje de seropositivos fue significativamente mayor en las comunidades de Bellavista y Pavletich, las cuales presentaron también la mayor prevalencia en relación a las otras cinco comunidades en donde se realizó el estudio. Los niños expuestos a campo abierto tuvieron mayor probabilidad de ser seropositivos para anticuerpos IgG contra el péptido PvAMA1(21-42) (p<0.05) y los adultos que tuvieron eventos de malaria el año pasado presentan mayor probabilidad a ser seropositivos para anticuerpos IgG específicos a los péptidos PvMSP1(20-39) y PvAMA1(21-42) (p<0.05). No se encontró asociación alguna entre los otros factores de riesgo a malaria evaluados y la probabilidad de ser seropositivos a los péptidos evaluados. Los ensayos de ELISA basado en los tres péptidos estudiados podrían servir para identificar individuos con infección activa o infección pasada. Se necesitaran más estudios para determinar si la medición de estas respuestas inmunológicas podría ser útil para determinar riesgo de infección o transmisión de malaria en zonas de muy baja endemicidad que son blancos para campañas de eliminación de la malaria.
Determinantes de virulencia en enterococos asociados a patologías humanas : diferencias fenotípicas y moleculares entre aislados marinos y clínicos
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Rojas Chávez, Favio Dénnis; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Los enterococos, considerados patógenos emergentes, presentan una gran versatilidad genética actuando en el medio ambiente como reservorios genéticos de virulencia y resistencia. Se determinó comparativamente en 33 cepas de enterococos clínicos y 34 cepas de origen marino los perfiles de resistencia antimicrobiana, perfil fenotípico y la presencia de los marcadores de virulencia gelE, cylA, esp y hyl, relacionados respectivamente con: la gelatinasa, hemolisina, la proteína de superficie enterocócica y una putativa glicosil-hidrolasa; además se realizaron ensayos de mortalidad en el modelo experimental Galleria mellonella (Orden: Lepidoptera). Se determinó en cepas marinas sólo la presencia de gelE y esp, con una expresión fenotípica fuerte de biopelículas en casi todas las cepas, aunque no se demostró asociación con estos marcadores. Sólo el 14.3% de enterococos gelE+ presentó actividad gelatinasa y ninguna cepa resultó ser betahemolítica ni portar cylA (Activador de la hemolisina). En el grupo clínico se observó múltiples antibiotipos y perfiles de virulencia en relación directa a la especie y al origen de la infección. El marcador hyl estaba presente sólo en cepas resistentes a vancomicina (EVR) y portadoras de esp, además se detectó en este grupo cepas betahemolíticas (12.1%) y portadoras de cylA (15.2%) mientras que el 48.5% presentaron gelE y la actividad gelatinasa fue detectada en un 30.3% de la cepas. Las cepas clínicas con actividad gelatinasa y hemolisina positivas desarrollaron una alta mortandad en G. mellonella, en tanto una cepa de E. faecalis de origen marino (gelatinasa positiva) presentó una mortandad similar al grupo clínico. Se determinó que los enterococos marinos, principalmente E. faecalis, conservan ciertas características de virulencia y de resistencia antimicrobiana por lo que su persistencia en el ambiente marino representa una amenaza potencial a la salud pública
Estudio de la diversidad molecular de aislados clínicos de Vibrio parahaemolyticus en el periodo 1995-2017
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2020) Caro Castro, Junior Jair; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Gavilán Chavez, Ronnie Gustavo
Vibrio parahaemolyticus es un patógeno facultativo que causa infecciones gastrointestinales asociadas al consumo de productos marinos, las cuales se han convertido en un problema de salud pública en diversas regiones del mundo. Los reportes en Perú no representan apropiadamente la tasa real de casos debido a factores como la automedicación y el bajo poder discriminatorio de los métodos convencionales de tipificación. Frente a ello, las herramientas moleculares basadas en epidemiología molecular brindan una solución para la obtención de datos importantes en investigaciones de brotes. Por ende, el objetivo del presente trabajo fue estudiar la diversidad molecular de V. parahaemolyticus clínicos mediante tipificación multilocus (MLST). Setenta genomas de V. parahaemolyticus pertenecientes a muestras de origen peruano se incluyeron en el análisis. Las muestras fueron obtenidas durante el periodo 1995-2007. A partir de los genomas se obtuvo información que involucra genotipos (STs), estructura poblacional, relación filogenética y la presencia o ausencia de factores de virulencia como las islas de patogenicidad (VpaI). Se identificaron 11 STs diferentes, cinco de ellos responsables de importantes epidemias en el pasado: ST3 (n=31), ST120 (n=22), ST265 (n=6), ST88 (n=3) y ST36 (n=2), destacando particularmente el ST3, por presentar predominancia numérica y temporal en los aislados. Por otro lado, la relación filogenética demostró la clonalidad de los aislados, formando clústeres entre cepas pertenecientes al mismo genotipo. Además, se detectó que la mayoría de aislados presentaron genes que codifican a las hemolisinas TDH y TRH, y los genes de las VpaI 1 al 7. Se concluye que, durante el periodo estudiado, predominaron los aislados del genotipo ST3, poseedores de importantes factores de virulencia y asociados a importantes epidemias años atrás. Adicionalmente, se encontró la circulación de genotipos poco estudiados en Perú y el mundo, pero con potencial patogénico latente, por lo cual se enfatiza la importancia del empleo de técnicas moleculares en la vigilancia epidemiológica de V. parahaemolyticus para el rastreo de genotipos con potencial epidémico a futuro.
Estudio de las Mixobacterias en suelos de Lima
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Díaz Solano, Braulio Napoleón; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Se investigó la presencia de microorganismos del Orden Myxococcales en suelos representativos del Departamento de Lima como una contribución a los escasos trabajos realizados en referencia a este grupo microbiano con el fin de sentar las bases para futuros trabajos en el área biotecnológica. Para tal fin, se examinaron suelos de 6 lugares diferentes de Lima: Bosques de Zárate, Jardines de Lima, Lomas de Lachay, Lunahuaná-Cañete, Valle del Río Chillón y los Pantanos de Villa, colectándose un total de 114 muestras. Se utilizaron los medios Krzeminieska and Krzeminieska (K&K), el medio Singh (MSg) y agar pellets (A-P) para el aislamiento y purificación de cepas bacteriolíticas; el medio Stanier modificado (MSt) y el agar Stanier almidón (ASTA) para el aislamiento y purificación de cepas celulolíticas; los medios CT, agar Levadura (AL) y el medio IM-1 fueron utilizados para observar las formas vegetativas y fructificantes de los aislados. La identificación se realizó en base a la clasificación morfológica reportada en el Manual Bergey (Holt et al., 1994). Se confirmó la presencia de Myxococales en suelos de Lima, siendo las cepas bacteriolíticas del género Myxococcus las más predominantes. También se identificaron cepas de los géneros Angiococcus, Archangium, Cystobacter, Sorangium y Stigmatella. La identificación basada en características morfológicas, fue la de mayor utilidad para la identificación de Myxococcales aún cuando pruebas adicionales ayudaron en la identificación de las especies.
Estudio genético molecular de Enterococcus faecalis y Enterococcus faecium resistentes a vancomicina aisladas en el Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen Red Essalud-Lima, Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Rosas Fretel, Krystell Melina; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
En los últimos años los casos de infecciones causadas por enterococos resistente a vancomicina (ERV) han ido cobrando importancia debido a su capacidad innata para almacenar información e inclusive transferirla a otras cepas. Los ERV han sido aislados de Unidades de Cuidados Intensivos (UCI), de infecciones de tracto urinario, bacteriemias, endocarditis, etc. Las dos especies clínicamente importantes son Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis, las cuales portan genes de resistencia a vancomicina. El objetivo de esta investigación fue analizar genéticamente las cepas ERV del Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen (HNGAI). Para ello se recolectaron cepas ERV y se realizó la evaluación molecular en el Laboratorio de Microbiología y Biotecnología Molecular de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos – Lima. Se seleccionaron un total de 28 cepas, 82% (n = 23) correspondieron a la especie E. faecium y 18% (n = 5) a E. faecalis. Se determinó el nivel de resistencia a vancomicina con la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) mediante el E-test, 23 cepas de Enterococcus faecium obtuvieron una CMI ≥ 256µg/mL; 5 cepas de Enterococcus faecalis mostraron subpoblaciones heterorresistentes a vancomicina dentro del halo de inhibición. Para determinar la ubicación de la resistencia se utilizó la prueba de curación de plásmidos resultando que el 96% (n = 22) de las cepas de E. faecium mantuvo la resistencia después del curado y el 100% de Enterococcus faecalis mostraron sensibilidad y transferibilidad, siendo la frecuencia de transferencia más alta de 5 x10-3 para la cepa EC0507. Mediante PCR múltiplex se determinó la presencia de un sólo genotipo vanA, en todas las cepas Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis. De esta manera se concluye que existe un solo genotipo vanA en los ambientes intrahospitalarios del HNGAI y que estos pueden ser transferibles.
Evaluación de la expresión de tres genes aos, erf2 y pr-p2 que participan en la respuesta celular defensiva en plantas de tomate inoculadas con bacterias promotoras de crecimiento vegetal e infectadas con Alternaria alternata
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2016) Ogata Gutiérrez, Katty; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Zúñiga Dávila, Doris Elizabeth
Investiga 15 bacterias con potencial PGPR (bacterias promotoras de crecimiento vegetal) seleccionadas del banco de cepas del laboratorio con el objetivo de caracterizar y cuantificar la expresión de los genes aos, erf2 y pr-p2 que están relacionados con la activación de la respuesta celular defensiva en plantas de tomate inoculadas con PGPR durante la infección del patógeno
Evaluación de métodos de purificación de SARS-CoV-2 para la cuantificación viral y análisis NGS de muestras del alcantarillado de las ciudades de Lima, Callao y Arequipa durante la pandemia de COVID-19
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2023) Mindreau Ganoza, Elías Ismael; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Santa María Fuster, Mónica Cecilia
La necesidad de medir los casos de infectados de COVID-19 durante la pandemia en países en vías de desarrollo donde se tienen recursos insuficientes para poder testear a la población ha llevado a proponer la epidemiología basada en aguas residuales como una alternativa económica y viable para poder conocer en tiempo real el avance de contagios y tomar las medidas necesarias de prevención aplicando cálculos de normalización de la población infectada como el del índice de prevalencia relativa (RPI, de sus siglas en inglés, Relative Prevalence Index) sabiendo la cantidad de población que alimenta un determinado buzón de alcantarillado. A partir de dicha herramienta es que se propone optimizar los procedimientos de menor costo para la concentración viral y purificación del ARN del SARS-CoV-2 para las muestras de agua residual, así como poder evaluar el rendimiento del proceso a partir de la medición de parámetros que puedan influir en la detección y cuantificación vía RTqPCR, como la influencia de los parámetros fisicoquímicos del agua residual recolectada en pozos de Plantas de Tratamiento de Alcantarillado (PTARs) y Redes de Alcantarillado (Colectores). En el estudio se demuestra la importancia del monitoreo de aguas residuales en el seguimiento al SARS-CoV-2, así como la existencia de un efecto favorable del MgCl2 como un aditivo para la filtración mediante el método de elución- adhesión con membrana electronegativa; también se recomienda el método del TRIzol modificado para la extracción a bajo costo del ARN viral de aguas residuales, siendo que es posible hacer más accesible estas metodologías en países de bajos recursos.
Evaluación del gen que codifica la enzima β - Hidroxipalmitato metil éster hidrolasa (βHPMEH) para la inhibición de la marchitez bacteriana causada por Ralstonia solanacearum por expresión en Solanum tuberosum “papa”
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2016) Fernandez Huaytalla, Elizabeth; Kreuze Rockström, Jan Frederik; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La marchitez bacteriana causada por Ralstonia solanacearum E.F. Smith es la más importante enfermedad bacteriana que ataca a cultivos agrícolas como papa, tomate, banana, etc. causando grandes pérdidas en la producción. Desafortunadamente, su control ha sido difícil por su amplio rango de hospederos alternativos, por su supervivencia en el suelo, por su variación biológica y genética, por su poca fuente de resistencia natural y por no contar con métodos químicos apropiados. La búsqueda de métodos que confieran resistencia en una variedad de importancia alimenticia y económica sería una ventaja muy significativa. Sin embargo, es necesario primero conocer cómo el patógeno logra desarrollar la enfermedad en su hospedero, como se comunica y que estrategia usa para ser virulento y causar daño en la planta. Ralstonia solanacearum posee un sistema quorum sensing para la regulación de la expresión de genes de virulencia, la molécula 3-OH-PAME es el autoregulador de esta señal. Adicionalmente se conoce que la molécula ΒHPMEH hidroliza a 3-OH-PAME anulando así la señal de virulencia y por tanto la comunicación quorum sensing en R. solanacearum. Con este objetivo se realizó la evaluación del gen βhpmeh. Para ello, se diseñaron dos vectores que expresen este gen los cuales fueron verificados por análisis de restricción y secuenciamiento para posteriormente, mediante técnicas de Agroinfiltración, observar su expresión y su efecto frente a R. solanacearum en hojas de papa Solanum tuberosum. Los resultados de la expresión transitoria muestran que el gen βhpmeh retrasó la aparición de síntomas de la marchitez bacteriana y por lo tanto es un candidato para la transformación genética de S. tuberosum.
Frecuencia del operón mer en plásmidos conjugativos presentes en Escherichia coli aislados de ambientes marinos de Lima y su relación con la resistencia a antimicrobianos clínicos
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2008) Sulca López, Marcos Alejandro; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Investiga la resistencia bacteriana al ión mercurio (Hg2+) en 55 cepas de Escherichia coli aisladas de diferentes ambientes marinos de la costa limeña: Bahía de Pucusana, Bahía de Miraflores y Bahía del Callao (Lima-Perú). Se determinan los diferentes serogrupos de las cepas, utilizando sueros polivalentes EPEC, EIEC y EHEC; la resistencia al mercurio es evaluada realizando pruebas de MIC a cloruro de mercurio: 30, 50, 80, 100, 200, 300 y 400 µM/mL disuelto en caldo LB. Se evalúa las cepas mercurio-resistentes frente a antibióticos clínicos por la técnica de difusión en placa usando los siguientes antibióticos en discos: Cloramfenicol (C), 30 µg; Norfloxacina (Nor),10 µg; Amikacina (Ak), 30 µg; Kanamicina (K), 30 µg; Ampicilina (A), 10 µg; Sulfaperazone (Sfp), 30 µg; Tetraciclina (Te), 30 µg; Aztreonam (Az), 30 µg; Ceftazidima (Caz), 30 µg; Gentamicina (Ge), 10 µg; Amoxicilina (Amx), 25 µg; Sulfametoxazol-trimetoprim (Sxt), 25 µg; Ácido Nalidíxico (W), 30 µg; Ciprofloxacina (Cip), 5 µg. El origen de la resistencia al mercurio mediada por plásmidos se comprueba mediante la técnica de curación con SDS (10 % p/v); se realiza la técnica de conjugación de plásmidos tomando la cepa receptora E. coli DH5α. Para la visualización de los plásmidos conjugativos se realiza la técnica de extracción de plásmidos con el método de Lisis Alcalina con SDS en las cepas receptoras mercurio-resistentes. Así mismo se evalúa la presencia del gen merA, que se encuentra en el operón mer, por el método del PCR tomando como DNA molde los plásmidos aislados. Del total de las cepas de E. coli (n=55) estudiadas, el 29,1 % (n=16) resultan ser positivas para los serogrupos EPEC, de éstas: 31,25 % EPEC poliA, 50 % EPEC poliB, 18,75 % EPEC poliC. El 74,54 % (n=41) son resistentes al mercurio en distintas concentraciones, de éstas el 34,15 % son resistentes a antibióticos; se observa la resistencia al mercurio mediada por plásmidos en el 80,5 %. De las cepas mercurio resistentes, el 14,63 % (n=6) muestran ser portadores de plásmidos conjugativos, observándose la presencia de estos en las cepas receptoras mercurio resistentes. Se observa la presencia truncada o aberrante del gen merA en los plásmidos aislados, confirmando la frecuencia del operón mer en el 14,63 % de las cepas mercurio resistentes.
Identificación y caracterización molecular de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ti de Agrobacterium spp. insertados en el genoma de Ipomoea batatas (L.) Lam “camote“ y especies silvestres relacionadas
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Quispe Huamanquispe, Dora Graciela; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La transferencia horizontal de genes (HGT) ha sido uno de los temas más debatidos en biología evolutiva durante las últimas dos décadas debido a que esto ha desafiado considerablemente nuestra visión acerca de la historia evolutiva de los genomas. En el caso de organismos procariotas como las bacterias, la adquisición de genes de otros individuos alejados filogenéticamente les ha permitido producir genomas extraordinariamente heterogéneos y dinámicos cambiando por tanto, la ecología y la patogenicidad de las especies bacterianas (Maiden 1998; Gogarten et al., 2002; Ochman et al., 2000). En eucariotas también se ha registrado la ocurrencia de eventos de HGT, los cuales incluyen a un gran número de genes provenientes de varios donadores en los rotíferos de la clase Bdelloidea (Gladyshev et al., 2008) o la transferencia de genes de la bacteria intracelular Wolbachia dentro del genoma de sus hospederos artrópodos (Hotopp et al., 2007). En plantas, el modelo mejor conocido sigue siendo el del género Agrobacterium cuyo mecanismo de infección involucra la transferencia e integración de una región del plásmido Ti al genoma de la célula vegetal. El impacto de este hallazgo ha tenido grandes aplicaciones en diversos campos de la biología vegetal, agricultura y biotecnología. Sin embargo, el descubrimiento de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ri de Agrobacterium rizhognenes en el genoma de especies del género Nicotiana (White et al., 1983; Furner et al., 1986), Daucus carota “zanahoria” (Spano et al., 1982) y Convulvus arvensis (Tepfer, 1982) han evidenciado que la ocurrencia de este tipo de eventos actúan como una fuerza significativa en la evolución de genomas eucariotas (Richardson y Palmer, 2007; Bock, 2010; Talianova y Janousek, 2011). La importancia de estos hallazgos incrementa la necesidad de realizar más investigaciones para entender el mecanismo de flujo horizontal de genes a través de bacterias en la evolución de plantas superiores, por lo que el presente trabajo de tesis pretende identificar y caracterizar la presencia de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ti de Agrobacterium spp. en el genoma de Ipomoea batatas (L.) Lam “camote” y especies silvestres relacionadas, con el fin de evidenciar la ocurrencia de eventos de HGT en este género y el posible impacto de este hallazgo en su evolución.
Identificación y genotipificación de Escherichia coli productor de toxina tipo shiga (STEC) presente en puestos de venta de carne de pollo en el distrito de San Juan de Miraflores
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2016) Lucas López, Juan Raúl; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Identifica y genotipifica cepas de STEC aisladas en puestos de venta de carne de pollo en un distrito de Lima. Para ello, se tomó hisopados de la superficie de manos, tablas de picar y mesa de expendio de 50 puestos de venta de carne de pollo en el distrito de San Juan de Miraflores, se realizó el aislamiento microbiológico estándar, identificación molecular de los genes stx1, stx2 y eaeA mediante PCR y la subtipificación genética mediante electroforesis en campo pulsatil (PFGE). El 84% (42/50) y 66% (33/50) de los puestos de venta poseían al menos una de las superficies contaminadas con E. coli y STEC, respectivamente. El 42%(63/150) y 25.3%(38/150) de las muestras fueron positivas a E. coli y STEC, respectivamente. 43 de las 63 cepas de E. coli aisladas fueron patógenas por presentar al menos un gen evaluado. 38 cepas fueron STEC y presentaron los genes stx1 (19.1%;12/63), stx2 (14.3%;9/63) y las asociaciones: stx1 y stx2 (12.7%;8/63); stx1, stx2 y eaeA (6.3%;4/63); stx2 y eaeA (4.8%;3/63); y, stx1 y eaeA (3.2%;2/63). También se identificó E. colieaeA (7.9%;5/63). Veintitrés cepas de STEC fueron evaluadas mediante PFGE las cuales no mostraron ser cepas genéticamente idénticas, perose llegaron a establecer cinco clusters y nueve cepas poco relacionadas epidemiológicamente. Se observaron prácticas de higiene deficientes en el puesto de venta y durante el expendio. Se confirma que los puestos de venta de carne de pollo evaluados son una fuente de contaminación de STEC cuyas cepas difícilmente proceden de un origen común. Es presumible que la manipulación en el puesto de venta y el manejo en expendio favorezcan la contaminación de carne de pollo con STEC en nuestro medio, debiendo fortalecerse las medidas de control a este nivel para salvaguardar la salud pública del consumidor.
Influencia de los parámetros ambientales en la comunidad microbiana halofílica presente en el Refugio de Vida Silvestre Los Pantanos de Villa, Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2022) Paredes Contreras, Beatriz Vivian; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Evalúa la influencia de los parámetros ambientales en las comunidades procarióticas halófilas de algunas lagunas de este humedal. Para lo cual, se tomaron muestras de agua en los años 2017 y 2018 y parámetros fisicoquímicos fueron medidos. Luego, se procedió con el recuento de microorganismos (UFC/mL) y análisis estadístico de correlación bivariada (coeficiente Rho-Spearman). Además, se seleccionaron colonias diferentes de cada punto de muestreo para caracterizarlas fenotípicamente. También, de los morfotipos coloniales, se estimó la riqueza global con Chao2 y se evaluó la diversidad beta con el índice Jaccard. Después, se realizó dendrogramas de similaridad entre las características fenotípicas de las cepas evaluadas y los parámetros fisicoquímicos de las lagunas. Se obtuvo que hubo correlación de salinidad, STD, CE, O2 con la concentración de microorganismos (UFC/mL); así como correlación de nitratos y fósforo total con la cantidad de morfotipos coloniales (riqueza observada). Asimismo, la estacionalidad influenció en el UFC/mL y en la riqueza observada. En suma, la mayoría de los microorganismos fueron bacterias Gram-positivas y halotolerantes, siendo que la mayoría que creció entre 0% y 10% de NaCl; y la riqueza global de morfotipos coloniales fue de 1140. Finalmente, sobre la diversidad beta, se encontraron diferencias resaltantes en los morfotipos coloniales de la laguna Marvilla y en el mes de julio fueron en comparación con los otros grupos; y de los dendrogramas, se obtuvo 6 grupos de Grampositivos y Gram-negativos, y la laguna Marvilla fue la más diferente por sus características fisicoquímicas. Debido a los resultados, se concluye que existe influencia de parámetros ambientales en las comunidades microbianas procarióticas heterótrofas de este humedal costero.
Optimización de una pcr multiplex para la detección de Mycoplasma gallisepticum y Mycoplasma synoviae en muestras de tejidos de Gallus gallus
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2022) Chávez Montenegro, Víctor Elías; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Las bacterias Mycoplasma gallisepticum (MG) y Mycoplasma synoviae (MS), son los principales patógenos que ocasionan la enfermedad de micoplasmosis aviar a nivel mundial. En el Perú, la mayor cantidad de especies avícolas comerciales pertenecen a la especie Gallus gallus, en donde la propagación de la micoplasmosis aviar ocasionaría grandes pérdidas económicas debido a su rápida propagación, por ello, es necesario detectar dichos patógenos para controlar la infección. La presente investigación consistió en optimizar la detección de ambos patógenos en tres (03) fases. La primera fase consistió en optimizar una PCR para la detección de MG y MS, la segunda fase en la optimización de PCR multiplex para la detección de ambos patógenos en tejidos de Gallus gallus y finalmente en la tercera fase se realizó la secuenciación de las muestras que salieron positivas en las muestras analizadas, para saber si existe similitud con otras cepas de MG y MS. La finalidad de la investigación fue optimizar una PCR multiplex para detectar eficientemente ambos patógenos en menor tiempo usando cebadores sensibles y específicos. Se analizaron un total de 669 muestras, durante cuatro años seguidos, de las cuales el 1,79 % estuvo contaminada con MG, 2,84 % con MS y 2,09 % con ambas especies, así mismo la incidencia fue 1,92 % para MG, 3,04 % para MS y 2,24 % para ambas bacterias durante el periodo 2016 al 2019. Si bien los resultados son muy bajos, pero no dejan de ser menos importante, existe la posibilidad de proliferar la micoplasmosis aviar en los galpones nacionales. El control y la vigilancia constante de estas dos bacterias patógenas, mediante uso de técnicas moleculares, evitarán su proliferación y por ende evitará grandes pérdidas económicas.

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