Diversidad y estructura genética de 731 accesiones de la Colección Nacional de Yuca (Manihot esculenta Crantz) del Banco de Germoplasma del Instituto Nacional de Innovación Agraria usando polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs)

Abstract

La yuca, Manihot esculenta Crantz (Euphorbiaceae), es uno de los cultivos de subsistencia más importantes a nivel mundial. En el Perú, la raiz tuberosa de yuca es la más consumida por los pueblos indígenas de la región Amazónia, estando su consumo segundo despúes de la papa, como fuente de energía calórica. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la diversidad y estructura genética de 728 accesiones de yuca, conservadas en la Colección Nacional de Yuca del INIA, usando 1,271 SNPs obtenidos de un ddRADseq (de 731 accesiones) y distribuidos de manera proporcional en los 18 cromosomas, que dan una visión global de todo el genoma. Los valores promedio de PIC, MAF, Ho y He, fueron; 0.245, 0.197, 0.319 y 0.293 respectivamente, que indican un elevado valor de diversidad genética conservada en la colección. La agrupación a priori en base a lugar de origen o procedencia (país o región) que actualmente usa el INIA, no logra explicar la diversidad contenida en la colección, corroborado por los valores de AMOVA (diversidad >87% entre las accesiones), Fst (0.0645) y PCA. Sin embargo, con el análisis de DAPC, se encontró que la colección se ordena en 12 grupos genéticos, respaldados por los altos valores de asignación individual (PAI) de cada accesión (>0.98). No se encontró una correspondencia entre genotipo y origen o procedencia, a excepción de 65 accesiones de Ucayali que forman exclusivamente, 2 de los 12 grupos genéticos encontrados. Estos resultados, demuestran el alto intercambio de material vegetal entre las diferentes regiones peruanas, debido al cultivo tradicional en el sistema de “chacras”, las relaciones socioculturales de parentesco y reciprocidad de los pueblos indigenas andino-amazonicos, y por el fenómeno de volunteer seedling de su reproducción sexual. Los resultados proporcionan, una mejor comprensión de la variabilidad genética conservada en la colección y la agrupación a nivel nacional en base a genotipos.