Identificación de genes de resistencia a antimicrobianos en coprolitos provenientes de los antiguos pobladores de la civilización Caral

Abstract

El estudio tuvo como objetivo caracterizar el resistoma y la diversidad del microbioma intestinal a partir de ADN antiguo (aDNA) obtenido de 44 coprolitos humanos procedentes de la Ciudad Sagrada de Caral. Para ello, se aplicaron técnicas de biología molecular y análisis metagenómico, incluyendo la extracción de aDNA in situ mediante un laboratorio móvil y el análisis de las regiones 16S rRNA (V4) e ITS1 para la identificación de bacterias y hongos, respectivamente. Mediante secuenciación masiva se identificaron como grupos predominantes Bacillota, con Bacillus sp. como género más abundante, y los hongos Ascomycota y Basidiomycota, destacando Aspergillus sp.; asimismo, la presencia de Ruminococcus y Prevotella fue compatible con microbioma intestinal humano. Se identificaron diversos genes de resistencia a antimicrobianos asociados con resistencia a antibióticos de amplio espectro, glucopéptidos, fluoroquinolonas, macrólidos, lincosamidas y sulfonamidas. Además, se reconocieron rutas metabólicas relacionadas con la fermentación de polisacáridos, la producción de ácidos grasos de cadena corta, el metabolismo de lípidos y el funcionamiento de transportadores ABC. Los resultados evidencian que el microbioma intestinal precolombino de las muestras analizadas albergaba un resistoma complejo previo a la era antibiótica. Se concluye que el estudio constituye una contribución pionera al análisis metagenómico del resistoma ancestral en coprolitos humanos de la civilización Caral y proporciona bases para la estandarización de protocolos orientados al estudio evolutivo del resistoma ancestral peruano.