Filogenómica y resistencia antimicrobiana de aislados humanos de Salmonella enterica no tífica circulantes en Perú durante el periodo 1998 - 2018

Abstract

Las infecciones por Salmonella no tifoidea (NTS) constituyen un relevante problema de salud pública debido a su amplia distribución geográfica, alta incidencia y al incremento de la resistencia a los antimicrobianos, especialmente en países en desarrollo como el Perú; en ese contexto, el objetivo de la presente investigación fue determinar la diversidad filogenómica de aislados de NTS circulantes en el país durante el periodo 1998-2018. El estudio se desarrolló a partir de una colección de cepas viables pertenecientes al Instituto Nacional de Salud, previamente caracterizadas como Salmonella spp., las cuales fueron secuenciadas mediante tecnología Illumina®, sometidas a control de calidad y ensamblaje genómico. Posteriormente, se realizaron análisis de asignación de secuenciotipos (ST), inferencia filogenética, detección de genes de resistencia y virulencia, identificación de elementos genéticos móviles y análisis genómico comparativo de los principales STs. Los resultados permitieron identificar 40 secuenciotipos diferentes, siendo los más frecuentes S. Infantis ST-32 (37,3 %), S. Enteritidis ST-11 (23,8 %), S. Typhimurium ST-19 (14,2 %), S. Newport ST-31 (6,77 %) y S. Mbandaka ST-413 (4,7 %); la filogenia evidenció una alta clonalidad entre cepas del mismo ST, independientemente de la fuente de aislamiento. Asimismo, se observó una fuerte asociación de genes de virulencia, plásmidos y profagos con los STs más frecuentes, mientras que los genes de resistencia antimicrobiana se asociaron principalmente a S. Infantis ST-32. En conclusión, el estudio describe por primera vez la dinámica de los secuenciotipos de NTS circulantes en el Perú, evidenciando características genómicas que sugieren una elevada adaptación de estas cepas y resaltando la importancia de la secuenciación del genoma completo como herramienta clave para la vigilancia, prevención y control de patógenos transmitidos por alimentos.