Identificación in silico de epítopos de 5 variantes de la glicoproteína Spike de SARS-CoV-2 en alelos de población peruana de la región Callao-Perú

Abstract

El estudio, desarrollado mediante un enfoque in silico, analiza la diversidad de epítopos T de la glicoproteína Spike del SARS-CoV-2 entre variantes identificadas durante la vigilancia genómica realizada en el Callao, Perú, durante el periodo 2021-2022, con el propósito de aportar información para el diseño de vacunas. La asignación de variantes se realizó a partir de secuencias genómicas mediante Nextclade, excluyendo aquellas de baja calidad o sin asignación, y posteriormente se obtuvo la secuencia de Spike correspondiente a cada genoma. La predicción de epítopos T se efectuó mediante las herramientas netMHCpan y netMHC-IIpan, utilizando un conjunto de antígenos leucocitarios humanos (HLA) representativo de la población peruana. Los péptidos identificados fueron depurados, agrupados según similitud y mapeados sobre los principales dominios estructurales de Spike, incluidos NTD, RBD, S1/S2 y S2. Los resultados evidenciaron que los epítopos core se concentran principalmente en la región S2, mientras que los epítopos accesorios se agrupan en las regiones S1 y S1/S2, con focos alrededor del sitio de clivaje. Estos patrones permiten explicar la persistencia de cierto grado de reconocimiento por células T sobre regiones conservadas de Spike, pese al escape de la respuesta humoral y al reemplazo de variantes en un contexto de vacunación basada en la Spike ancestral. El estudio proporciona listas de epítopos core y accesorios y su representación estructural, proponiendo priorizar regiones conservadas y considerar los cambios mutacionales como posibles factores relacionados con las respuestas inmunológicas frente a las distintas variantes del SARS-CoV-2.