EP Microbiología y Parasitología

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Calidad microbiológica de la Bahía de Sechura en asociación con la maricultura de la “concha de abanico”, en los años 2007 y 2014
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2015) Samanez Sarmiento, Joel Augusto; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Orozco Moreyra, Rita Esther
Se determina la calidad microbiológica de la bahía con dos monitoreos, los meses escogidos son mayo y octubre del 2014, con la finalidad de determinar si los indicadores microbiológicos se encuentran dentro de los estándares de calidad ambiental para aguas, en especial aquellas destinadas para la producción de moluscos bivalvos. Se seleccionan un total de 33 estaciones por mar y línea costera en mayo y 44 estaciones en octubre. Se determina la cantidad de coliformes mediante la técnica de diluciones en tubo múltiple (NMP). Se encuentran valores de coliformes que sobrepasan los estándares sólo en el mes de mayo, registrándose valores de 8,0 x 10 NMP/100mL y 2,4 x 103 NMP/100mL de Coliformes totales por agua de mar y por línea de costa, respectivamente. En octubre los valores obtenidos de coliformes no exceden los límites correspondientes. Se determinan parámetros físico-químicos como temperatura, pH, salinidad, oxígeno disuelto, nutrientes, DBO5, sulfuros de hidrógeno y sólidos suspendidos totales. Se observa un pequeño descenso de la temperatura de mayo (22.3°C) a octubre (17.3°C), a nivel superficial, la salinidad varia de 34,839 a 35,128 ups; los valores de pH fluctuaron de 7,52 a 8 en mayo y de 7,16 a 8,25 en octubre. Los valores de DBO5 hallados se encuentran dentro de los estándares de calidad (10mg/L), al igual que los valores de oxígeno disuelto (4 mg/L). Los niveles de sulfuro de hidrógeno varían desde no detectado a 0,01 mg/L, por contraparte, los resultados de sólidos suspendidos totales superan ampliamente los estándares (30 mg/L) encontrándose en mayo el valor máximo de 119,90 mg/L y para octubre el máximo valor es de 71,29 mg/L. La información obtenida del presente trabajo es comparada con la del Estudio de Línea Base Ambiental del año 2007, observándose que la calidad ambiental de la Bahía de Sechura ha tenido una mejora significativa desde el 2007 hasta la actualidad, lo que favorece a una acuicultura sostenible, siempre y cuando las autoridades implementen normativas que ayuden a mantener la calidad higiénico-sanitaria de dicha bahía.
Caracterización de bacteriófagos nativos candidatos a fagoterapia en infecciones causadas por Pseudomonas aeruginosa resistente a antibióticos y productoras de biopelícula
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019) Llanos Rosales, Carlos Daniel; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Describe fagos específicos para Pseudomonas aeruginosa resistentes a antibióticos y productoras de biopelícula. Se aisló P. aeruginosa a partir de muestras de pacientes hospitalizados de dos centros de salud. Se determinó, su nivel de resistencia antibiótica, producción de biopelícula y presencia de profagos. Posteriormente se aislaron fagos nativos a partir de efluentes hospitalarios y se determinó su rango de hospedero (capacidad de infectar a cepas MDR y productoras de biopelícula). Debido a sus características morfológicas en la formación de placa y su amplio rango de hospedero, se seleccionó el fago ФMARC-GA para una caracterización microbiológica. Éste presentó un periodo de latencia de 40 minutos y un tamaño de explosión aproximado de 100 fagos, con morfotipo C1 perteneciente a la Familia Podoviridae del Orden Caudovirales. Las características del bacteriófago lo presentan como un candidato con gran potencial para fagoterapia en infecciones recalcitrantes ocasionadas por P. aeruginosa MDR y productora de biopelícul.
Caracterización Fenotípica y Molecular de Cepas de Yersinia Ruckeri Aisladas de Oncorhynchus Mykiss, del Centro Piscícola “El Ingenio” – Huancayo
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Bueno Mendizábal, Hamilton Chen; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La demanda de trucha arco iris en nuestro país se ha incrementado significativamente en estos últimos años, por ello la industria dedicada al cultivo de esta especie también ha incrementado su número, y los que ya se dedicaban a esta actividad se han visto en la necesidad de aumentar la producción de truchas cultivadas. La enfermedad entérica de la boca roja es una de las principales enfermedades que afectan al cultivo de las truchas, generando grandes pérdidas económicas, el agente etiológico es la bacteria Yersinia ruckeri, la cual se transmite de un pez a otro por contacto y a través del agua. La presente investigación tuvo como objetivo, aislar y caracterizar a nivel fenotípico y molecular estirpes de Yersinia ruckeri en truchas arco iris obtenidas en el centro piscícola “El Ingenio” – Huancayo, para incrementar el conocimiento de la biología de este agente patológico, y relacionar las estirpes aisladas a partir de peces con sintomatología de enfermedad, con las aisladas a partir de peces sin sintomatología de enfermedad. El presente estudio se desarrolló en el Centro Piscícola “El Ingenio”- Junin y en el laboratorio de Microbiología Molecular y Biotecnología de la UNMSM- Lima, en el año 2010. Se recolectaron peces con sintomatología de enfermedad entérica de la boca roja (EBR) y sin sintomatología de ésta, identificándose a través de pruebas bioquímicas, 34 cepas presuntivas de Y.ruckeri y confirmándose por PCR, 30 de ellas; todas las cepas identificadas pertenecen al biotipo 1. Se realizaron pruebas de susceptibilidad antimicrobiana encontrándose cepas resistentes a ácido oxolínico, cloranfenicol, tetraciclina y amoxicilina; se reporta 4 cepas con resistencia múltiple. Para el análisis genético molecular se utilizó las técnicas Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic PCR (REP-PCR) y extragenic repeating elements PCR (BOX-PCR), determinándose variabilidad intraespecífica tanto en cepas aisladas de peces con sintomatología como en peces sin sintomatología de la EBR. Palabras clave: Enfermedad entérica de la boca roja (EBR), Yersinia ruckeri, trucha arco iris, caracterización fenotípica de Y. ruckeri, caracterización molecular de Y. ruckeri.
Detección fenotípica de los mecanismos de resistencia a antibióticos betalactámicos en E. coli causante de infecciones urinarias en el Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013) Rios Rios, Oscar Jhian Gibran; Soto Pastrana, Javier Orlando; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Detecta fenotípicamente la producción de betalactamasas en E. coli causante de infecciones urinarias en el Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé, así como determinar los fenotipos tipo BLEE, AmpC y carbapenemasas, y sus respectivas prevalencias. Se realizó un estudio de tipo descriptivo de corte transversal sobre cepas de E. coli aisladas de muestras de orina en el Servicio de Microbiología durante los meses de marzo a septiembre de 2011, llevando a cabo los protocolos habituales de los urocultivos. Identificado el microorganismo se realizó la técnica Kirby Bauer para el antibiograma siguiendo los criterios de la CLSI para su realización e interpretación. Se tomaron en cuenta los antibióticos betalactámicos a estudiar así como los puntos de corte en la interpretación de los halos de inhibición de aztreonam (AZT), cefotaxima (CTX), ceftazidima (CAZ), cefoxitin (FOX), ceftriaxona (CRO), imipenem (IMI), meropenem (MEM) sirviendo éstos de screening para la posterior selección de las cepas de E. coli resistentes. Se realizó la prueba screening para BLEE según CLSI y prueba confirmatoria según SFM; para determinar AmpC se tomó en cuenta los criterios de la AAM y como pruebas confirmatorias el test de Hodge y sinergia de ác. borónico; para determinar carbapenemasas se tomó como screening la disminución en los carbapenems y como métodos confirmatorios el test de Hodge modificado con meropenem o ertapenem y sinergia con ác. borónico o EDTA según fue el caso. Durante el periodo de estudio se procesaron 3785 muestras de orina, de las cuales se obtuvo 495 muestras positivas a E. coli el uropatógeno de estudio. Del total de muestras positivas se obtuvieron 78 cepas productoras de BLEE, 8 cepas productoras de AmpC y ninguna cepa productora de carbapenemasa; con una prevalencia de 15.8 %, 1.6 % y 0 % respectivamente.Se obtuvo también la identificación presuntiva del tipo de enzima BLEE con el apoyo de reglas empíricas, encontrándose que 41 cepas tenían fenotipo CTX-M y 37 cepas fenotipo TEM o SHV, representando un 8.3 % y 7.5 % respectivamente del total de cepas positivas a la presencia de E. coli. Estos resultados corroboran los hallazgos obtenidos por publicaciones previas, que manifiestan una prevalencia del fenotipo BLEE como principal mecanismo de resistencia en E. coli, se encontró una baja prevalencia de AmpC y una nula prevalencia de carbapenemasas que corrobora con los reportes de nuestro medio. Esto evidencia el manejo y control ineficiente que se ha tenido con el uso de los antibióticos betalactámicos.
Determinación de la comunidad procariota por hibridación fluorescente in situ en el sedimento marino de la plataforma continental frente al Callao
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013) Cueva Lozano, Ernesto Braulio; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth; Gutiérrez Aguilar, Dimitri Alexey
Determina cualitativa y cuantitativamente la comunidad procariota en el sedimento marino superficial de un perfil oceanográfico de tres estaciones sobre la plataforma continental frente al Callao-Perú (12°S). Se determinaron parámetros fisicoquímicos como oxígeno disuelto, salinidad y temperatura. Asimismo, se determinó el contenido de clorofila-a y feopigmentos. Para estimar la densidad total y de cada grupo procariota se utilizó la tinción DAPI y la Hibridación Fluorescente In Situ (FISH) respectivamente. FISH detectó una gran fracción de la comunidad procariota dentro de los 10 primeros centímetros de sedimento. Utilizando 6 sondas para Bacteria; cuatro de las cuales son para las clases Alfa, Beta, Gamma y Deltaproteobacteria, una para el Phylum Planctomycetes y una para el cluster Cytophaga-Flavobacterium; se pudo afiliar desde el 15-30% hasta el 57-67% del total de células como pertenecientes a uno de estos grupos. Bacteria fue el más abundante (hasta el 72%) dentro de las comunidades procariotas, mientras que Archaea fue el menos abundante (en porcentajes ≤1.9%).
Determinación de la respuesta inmune a péptidos de superficie del merozoito de Plasmodium vivax, candidatos a vacunas, en individuos de una zona de baja endemicidad de la costa norte del Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Llacua Carrasco, Luis Alberto; Baldeviano Vidalón, Geral Christian; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Determina la seroprevalencia a tres péptidos sintéticos provenientes de proteínas del merozoito en una población con baja endemicidad a la malaria en la Costa Norte del Perú. Se llevó a cabo un estudio trasversal en 5 comunidades del Distrito de Bellavista, Provincia de Sullana, Departamento de Piura en 2010. Se enrolaron individuos de dos grupos etáreos: 1) Niños entre 6 y 8 años de edad (n=250), y 2) adultos entre 18 y 61 años de edad (n=247). Se estandarizaron tres ensayos de ELISA para detectar anticuerpos IgG and IgM contra tres péptidos (PvMSP1(20-39), PvAMA1(21-42) y PvDBP(400-414)), los cuales fueron usados como marcadores serológicos a malaria. Además, se usaron encuestas para colectar información sobre riesgo de exposición a la malaria. Se estandarizaron las condiciones óptimas para las tres pruebas de ELISA. Usando muestras controles positivas (pacientes semi-inmunes con infección P. vivax) y negativas (individuos provenientes de zonas no endémicas a malaria) se determinó que los anticuerpos IgG contra PvMSP1(20-39) presentan alta sensibilidad (86.7%) y especificidad (100%) para diagnosticar malaria. El análisis de la población en Bellavista reveló que casi una cuarta parte de los participantes (79/371; 21,3%) fueron seropositivos a por lo menos uno de los antígenos y el 8.7% (35/404) de los participantes fueron reactivos contra el péptido PvMSP1(20-39). Además, la seropositividad a alguno de los 3 péptidos fue significativamente mayor en individuos adultos comparado con niños (p<0.05). Asimismo, el porcentaje de seropositivos fue significativamente mayor en las comunidades de Bellavista y Pavletich, las cuales presentaron también la mayor prevalencia en relación a las otras cinco comunidades en donde se realizó el estudio. Los niños expuestos a campo abierto tuvieron mayor probabilidad de ser seropositivos para anticuerpos IgG contra el péptido PvAMA1(21-42) (p<0.05) y los adultos que tuvieron eventos de malaria el año pasado presentan mayor probabilidad a ser seropositivos para anticuerpos IgG específicos a los péptidos PvMSP1(20-39) y PvAMA1(21-42) (p<0.05). No se encontró asociación alguna entre los otros factores de riesgo a malaria evaluados y la probabilidad de ser seropositivos a los péptidos evaluados. Los ensayos de ELISA basado en los tres péptidos estudiados podrían servir para identificar individuos con infección activa o infección pasada. Se necesitaran más estudios para determinar si la medición de estas respuestas inmunológicas podría ser útil para determinar riesgo de infección o transmisión de malaria en zonas de muy baja endemicidad que son blancos para campañas de eliminación de la malaria.
Determinantes de virulencia en enterococos asociados a patologías humanas : diferencias fenotípicas y moleculares entre aislados marinos y clínicos
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Rojas Chávez, Favio Dénnis; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Los enterococos, considerados patógenos emergentes, presentan una gran versatilidad genética actuando en el medio ambiente como reservorios genéticos de virulencia y resistencia. Se determinó comparativamente en 33 cepas de enterococos clínicos y 34 cepas de origen marino los perfiles de resistencia antimicrobiana, perfil fenotípico y la presencia de los marcadores de virulencia gelE, cylA, esp y hyl, relacionados respectivamente con: la gelatinasa, hemolisina, la proteína de superficie enterocócica y una putativa glicosil-hidrolasa; además se realizaron ensayos de mortalidad en el modelo experimental Galleria mellonella (Orden: Lepidoptera). Se determinó en cepas marinas sólo la presencia de gelE y esp, con una expresión fenotípica fuerte de biopelículas en casi todas las cepas, aunque no se demostró asociación con estos marcadores. Sólo el 14.3% de enterococos gelE+ presentó actividad gelatinasa y ninguna cepa resultó ser betahemolítica ni portar cylA (Activador de la hemolisina). En el grupo clínico se observó múltiples antibiotipos y perfiles de virulencia en relación directa a la especie y al origen de la infección. El marcador hyl estaba presente sólo en cepas resistentes a vancomicina (EVR) y portadoras de esp, además se detectó en este grupo cepas betahemolíticas (12.1%) y portadoras de cylA (15.2%) mientras que el 48.5% presentaron gelE y la actividad gelatinasa fue detectada en un 30.3% de la cepas. Las cepas clínicas con actividad gelatinasa y hemolisina positivas desarrollaron una alta mortandad en G. mellonella, en tanto una cepa de E. faecalis de origen marino (gelatinasa positiva) presentó una mortandad similar al grupo clínico. Se determinó que los enterococos marinos, principalmente E. faecalis, conservan ciertas características de virulencia y de resistencia antimicrobiana por lo que su persistencia en el ambiente marino representa una amenaza potencial a la salud pública
Estudio genético molecular de Enterococcus faecalis y Enterococcus faecium resistentes a vancomicina aisladas en el Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen Red Essalud-Lima, Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Rosas Fretel, Krystell Melina; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
En los últimos años los casos de infecciones causadas por enterococos resistente a vancomicina (ERV) han ido cobrando importancia debido a su capacidad innata para almacenar información e inclusive transferirla a otras cepas. Los ERV han sido aislados de Unidades de Cuidados Intensivos (UCI), de infecciones de tracto urinario, bacteriemias, endocarditis, etc. Las dos especies clínicamente importantes son Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis, las cuales portan genes de resistencia a vancomicina. El objetivo de esta investigación fue analizar genéticamente las cepas ERV del Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen (HNGAI). Para ello se recolectaron cepas ERV y se realizó la evaluación molecular en el Laboratorio de Microbiología y Biotecnología Molecular de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos – Lima. Se seleccionaron un total de 28 cepas, 82% (n = 23) correspondieron a la especie E. faecium y 18% (n = 5) a E. faecalis. Se determinó el nivel de resistencia a vancomicina con la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) mediante el E-test, 23 cepas de Enterococcus faecium obtuvieron una CMI ≥ 256µg/mL; 5 cepas de Enterococcus faecalis mostraron subpoblaciones heterorresistentes a vancomicina dentro del halo de inhibición. Para determinar la ubicación de la resistencia se utilizó la prueba de curación de plásmidos resultando que el 96% (n = 22) de las cepas de E. faecium mantuvo la resistencia después del curado y el 100% de Enterococcus faecalis mostraron sensibilidad y transferibilidad, siendo la frecuencia de transferencia más alta de 5 x10-3 para la cepa EC0507. Mediante PCR múltiplex se determinó la presencia de un sólo genotipo vanA, en todas las cepas Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis. De esta manera se concluye que existe un solo genotipo vanA en los ambientes intrahospitalarios del HNGAI y que estos pueden ser transferibles.
Influencia de los parámetros ambientales en la comunidad microbiana halofílica presente en el Refugio de Vida Silvestre Los Pantanos de Villa, Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2022) Paredes Contreras, Beatriz Vivian; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
Evalúa la influencia de los parámetros ambientales en las comunidades procarióticas halófilas de algunas lagunas de este humedal. Para lo cual, se tomaron muestras de agua en los años 2017 y 2018 y parámetros fisicoquímicos fueron medidos. Luego, se procedió con el recuento de microorganismos (UFC/mL) y análisis estadístico de correlación bivariada (coeficiente Rho-Spearman). Además, se seleccionaron colonias diferentes de cada punto de muestreo para caracterizarlas fenotípicamente. También, de los morfotipos coloniales, se estimó la riqueza global con Chao2 y se evaluó la diversidad beta con el índice Jaccard. Después, se realizó dendrogramas de similaridad entre las características fenotípicas de las cepas evaluadas y los parámetros fisicoquímicos de las lagunas. Se obtuvo que hubo correlación de salinidad, STD, CE, O2 con la concentración de microorganismos (UFC/mL); así como correlación de nitratos y fósforo total con la cantidad de morfotipos coloniales (riqueza observada). Asimismo, la estacionalidad influenció en el UFC/mL y en la riqueza observada. En suma, la mayoría de los microorganismos fueron bacterias Gram-positivas y halotolerantes, siendo que la mayoría que creció entre 0% y 10% de NaCl; y la riqueza global de morfotipos coloniales fue de 1140. Finalmente, sobre la diversidad beta, se encontraron diferencias resaltantes en los morfotipos coloniales de la laguna Marvilla y en el mes de julio fueron en comparación con los otros grupos; y de los dendrogramas, se obtuvo 6 grupos de Grampositivos y Gram-negativos, y la laguna Marvilla fue la más diferente por sus características fisicoquímicas. Debido a los resultados, se concluye que existe influencia de parámetros ambientales en las comunidades microbianas procarióticas heterótrofas de este humedal costero.

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