RFLP-inator: identificación bacteriana a partir de simulación in silico de electroforesis de fragmentos de restricción del gen 16S rRNA

Abstract

Construye una herramienta que sirva como complemento de las diferentes prácticas experimentales relacionadas con la aplicación de la técnica 16S rRNA PCR-RFLP para su uso en investigación y educación virtual (eLearning). El método de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) del gen 16S rRNA permite la identificación bacteriana utilizando enzimas de restricción que generen patrones de bandas únicos por especie. Por otra parte, el desarrollo de simuladores de técnicas experimentales y laboratorios virtuales ha adquirido una mayor relevancia debido al cierre de muchos laboratorios provocado por el confinamiento a raíz de la pandemia de COVID-19. RFLP-inator (https://kieferbedoya.shinyapps.io/RFLP-inator/) fue desarrollada con el lenguaje de programación R y el paquete Shiny para la elaboración de una interfaz web. La herramienta de software permite la simulación in silico de la técnica RFLP, la identificación bacteriana, la obtención de enzimas de restricción que generan patrones de bandas únicos, y, además, presenta dos funciones complementarias para la elaboración de geles electroforéticos y mapas de restricción. El correcto funcionamiento de cada una de las herramientas de RFLP-inator se validó mediante la reproducción de resultados de investigaciones previas.