EP Ciencias Biológicas

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12672/5094

Browse

Now showing 1 - 7 of 7

Aplicación del código de barras de ADN en la identificación de insectos fitófagos asociados al cultivo de quinua (Chenopodium quinoa Willd.) en Perú
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019) Zenteno Guillermo, Nilver Jhon; Silva Dávila, Diana Fernanda
Construye la primera biblioteca de código de barras de ADN para 66 especies de insectos fitófagos asociados al cultivo de quinua. Se analizaron un total de 4168 secuencias de la región mitocondrial COI para insectos colectados en los departamentos de Arequipa, Ayacucho, Cajamarca, Junín, y Puno, las cuales se registraron en la base de datos de BOLD. La eficacia de identificación se evaluó mediante tres métodos; Best match (BM), Best close match (BCM) y el criterio de BOLD (CB). Esta biblioteca incluye 22 nuevos registros de insectos fitófagos de la quinua, de entre estos, se tiene al lepidóptero de la familia Noctuidae Helicoverpa armígera, una plaga polífaga de importancia económica a nivel mundial y cuya regulación es catalogada como de suma prioridad por las principales agencias de control de plagas cuarentenarias. El resultado del análisis de los métodos de identificación mostró una tasa de éxito mayor al 99% para identificaciones correctas, porcentaje de éxito que muestra el poder discriminatorio del código de barras de ADN. Respaldado en los resultados de este estudio, la biblioteca de insectos fitófagos asociados a cultivos de quinua puede ser usada como base en la implementación de procedimientos rápidos y precisos para la identificación de insectos plagas de importancia agrícola y económica en este tipo de cultivos utilizando la herramienta del código de barras de ADN.
Diversidad genética y relaciones filogenéticas de Orthopterygium huaucui (A. Gray) Hemsley, una anacardiaceae endémica de la vertiente occidental de la Cordillera de los Andes
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Jiménez Vásquez, Víctor Alberto; Ramírez Mesías, Rina Lastenia
La vertiente occidental de los Andes peruanos es un ecosistema árido y rico en flora endémica, actualmente amenazada por la industria y expansión urbana. Se caracteriza por una flora de cactáceas y arbustos caducifolios, entre estos últimos se encuentra Orthopterygium huaucui (A. Gray) Hemsley, una Anacardiaceae endémica de género monotípico, que habita la vertiente occidental en forma de matorrales dispersos en laderas rocosas a lo largo de 500 km de la costa central y cuyas especies más próximas pertenecen al género Amphipterygium (presente en México y Centroamérica) con la cual existe una disyunción de más de 3500 km. Con la finalidad de determinar 1) La estructura poblacional de O. huaucui, 2) su posición filogenética en la tribu Rhoeae de la familia Anacardiaceae y 3) el tiempo de origen de O. huaucui en la familia, se realizó una filocronología bayesiana de la familia calibrada con cinco registros fósiles y se evaluó la diversidad genética. Para ambos objetivos se emplearon los marcadores TrnL, Rps16 (intrones plastidiales) e ITS (nuclear), utilizados en estudios filogenéticos y filogeográficos en vegetales. Se extrajo ADN de material fresco de 54 individuos de O. huaucui abarcando la distribución conocida, se secuenciaron ambas hebras y se editaron manualmente. Asimismo, fueron descargadas secuencias disponibles en GenBank de otras Anacardiaceae. La disyunción entre Orthopterygium y su género hermano Amphipterygium resultó entre 16,52 y 14,82 millones de años, entre ambos se halló una distancia genética similar a linajes con una mayor diversificación; mientras que, no se detectaron mutaciones intraespecíficas en Orthopterygium. Este último resultado respondería a una baja dispersión y/o baja tasa mutacional, en vista de estudios ecológicos y moleculares realizados. Sin embargo, siendo la ausencia de mutaciones en marcadores nucleares un patrón común en especies recientes no obstante el origen miocénico detectado en Orthopterygium, podría tratarse de un linaje afectado por un severo cuello de botella genético. Más aun tratándose del único representante del género, Orthopterygium huaucui sería el resultado de un proceso migratorio de una especie ancestral desde el hemisferio norte de América, a través de un Itsmo de Panamá ya formado, que aprovechó la aridez de la vertiente, cuyas características se han mantenido por más de 15 millones de años, para su establecimiento.
DNA barcoding y delimitación de especies de la Familia Anostomidae en la cuenca amazónica peruana
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2022) Valenzuela Rodriguez, Gian Pier; Ramirez Malaver, Jorge Luis
La familia Anostomidae, que comprende especies comúnmente reconocidas como “lisas”, es considerada una de las más importantes dentro del orden Characiformes, siendo la segunda familia con mayor riqueza (sólo superada por Characidae), actualmente agrupa a 151 especies, de las cuales 90 son reportadas para la cuenca amazónica y 25 para Perú. En el presente trabajo, se utiliza metodologías moleculares, como los códigos de barras de ADN, que ayuda en la rápida y correcta identificación de especies y en el descubrimiento de posibles especies crípticas. Se obtuvo 169 secuencias del gen COI (subunidad I de la Citocromo Oxidasa) de 20 especies nominales, las cuales fueron identificadas taxonómicamente y los vouchers preservados para futuros estudios taxonómicos. Las especies pertenecen a diferentes cuencas principales en Perú: Ucayali, Marañón, Huallaga, Amazonas, Madre de Dios. De acuerdo al análisis de delimitación de especies (GMYC, PTP y bPTP) se logro identificar diversidad críptica dentro de la familia Anostomidae en Perú, discriminando 22 diferentes MOTUs (Unidades Taxonómicas Operacionales Moleculares), separando a las especies Leporinus pearsoni y Leporinus cf. parae en 2 MOTUs cada una, correspondiendo cada MOTU a una cuenca diferente (Alto Amazonas y Alto Madeira). Leporinus cf. parae, junto a Leporinus trimaculatus y Leporinus subniger pertenecen a un complejo, que suele ser identificado erróneamente como Leporinus friderici. El resultado obtenido sienta una base para realizar estudios taxonómicos integrativos en función a cada MOTU obtenida en este estudio. La técnica de ADN Barcoding y la de delimitación de Especies hicieron posible separar y reconocer especies dentro de la familia Anostomidae
Estimación de las Frecuencias Alélicas del D16S539 en una Muestra Poblacional de Ascendencia Andina Ancashina
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2003) Tito Tadeo, Raúl Yhossef
El empleo de marcadores moleculares como los microsatélites del DNA humano son de mucha importancia en los estudios de filiación e identificación en la práctica forense, estos estudios se basan en las frecuencias alélicas de los microsatélites o marcadores genéticos del DNA, que para el caso del Perú están supeditados a las frecuencias alélicas reportadas para la población hispanoamericana. Este trabajo tiene como objetivo determinar si existe diferencia significativa entre las frecuencias alélicas del microsatélite D16S539 de la muestra poblacional de ascendencia ancashina y la hispanoamericana. Los estudios genéticos, como la identificación de los genotipos de los individuos y la determinación del equilibrio genético de la población fueron realizados en una muestra de 33 individuos no emparentados usando la técnica de PCR seguida por electroforesis en geles de poliacrilamida al 8% 7M urea y tinción con nitrato de plata, encontrándose 5 alelos de 9 reportados para el D16S539 (Steven y col., 1998), siendo la frecuencia del alelo 9 igual a 0.242, 10 igual a 0.258, 11 igual a 0.288, 12 igual a 0.106 y 13 igual a 0.106. La población estudiada se encontró en equilibrio de Hardy-Weinberg con respecto a este marcador y además no existía diferencia significativa entre las frecuencias alélicas del D16S539 de la muestra poblacional de ascendencia andina ancashina y la hispanoamericana.
Estructura genética poblacional de Phyllodactylus sentosus (Squamata: Phyllodactylidae) mediante Genotipado por Secuenciación (GBS)
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2021) Arana Salinas, Alejandra Dafne; Ramirez Malaver, Jorge Luis
La pérdida y fragmentación de hábitats naturales a causa de la urbanización es una importante amenaza a la biodiversidad. El gecko de Lima Phyllodactylus sentosus es una especie endémica del Perú, considerada en Peligro Crítico, que se refugia en las áreas arqueológicas de la ciudad de Lima, también conocidas como huacas. Utilizando información obtenida mediante la técnica de Genotipado por Secuenciación se analizó la estructura genética poblacional del gecko de Lima para evaluar los factores que influyen en ésta. Los resultados indican alta diferenciación entre las poblaciones, aunque no estén alejadas, indicando que la urbanización y la consecuente modificación del hábitat de esta especie implica barreras para el flujo génico entre las poblaciones que se encuentran refugiadas en las huacas de Lima.
Identificación rápida de especies del género Vibrio asociados con el cultivo de “langostino blanco“ Litopenaeus vannamei por amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013) Dulanto Gomez, Jimmy Ronald; León Quispe, Jorge
La investigación tuvo como objetivo incorporar una metodología de identificación rápida conocida como ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) para identificar especies del género Vibrio. Se estandarizó la técnica con cepas referenciales. Luego, se aislaron cepas bacterianas asociadas con el cultivo de Litopenaeus vannamei. Posteriormente, se realizaron pruebas bioquímicas para encontrar cepas candidatas de pertenecer al género Vibrio. Al finalizar esta primera etapa, la técnica ARDRA estandarizada, fue aplicada en las cepas candidatas, confirmando de esta manera la factibilidad de la metodología bajo las condiciones estudiadas. En una segunda etapa, se secuenció la región 16S rDNA para confirmar e identificar las cepas candidatas por análisis filogenético. Se reportaron tres especies diferentes con alta similitud pertenecientes al Vibrio core group (Vibrio communis, Vibrio harveyi y Vibrio parahaemolyticus). Con estos resultados, fue posible diseñar una identificación rápida por ARDRA para identificar el Vibrio core group y la especie Vibrio communis. La metodología de diseño del ARDRA fue soportado por una valoración diagnóstica bioinformática, obteniendo de esta evaluación, una sensibilidad y una especificidad de 97,1 y 76,9%, respectivamente para la identificación del Vibrio core group, mientras que para identificar la especie Vibrio communis, se obtuvo una sensibilidad y una especificidad de 100 y 97,4%, respectivamente. Finalmente, se ha demostrado que es posible identificar ciertas especies del genero Vibrio asociados con la acuicultura de Litopenaeus vannamei, por ARDRA y esta metodología de identificación, tiene la ventaja de ser mucho más rápido y económico en comparación con la identificación por análisis filogenético, teniendo a su vez la desventaja de ser dependiente del uso del secuenciamiento en un primer momento para el diseño del ARDRA. Palabras clave: Litopenaeus vannamei, ARDRA, Vibrio communis, Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio core group, evaluación diagnóstica bioinformática.
Plagas entomológicas en cultivos de espárrago (Asparagus officinalis L.) en el Perú: identificación taxonómica mediante morfología y el código de barras de ADN
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019) Mantilla Lobatón, Karla Diana; Lamas Müller, Gerardo Amadeo Guillermo
Identifica insectos plaga del espárrago mediante morfología y código de barras de ADN. Para la recolecta de insectos se colocó una trampa de luz, bandejas amarillas y se realizó búsqueda directa en los campos de espárrago. Luego, las muestras fueron procesadas en el laboratorio e identificadas previamente con morfología y la caracterización molecular fue realizada en el Instituto de Biodiversidad de Ontario (BIO); posteriormente las secuencias fueron identificadas en el BOLD System. Se identificaron morfológicamente 13 especies de adultos a partir de 111 especímenes correspondientes a nueve especies de Lepidoptera (Noctuidae y Pyralidae) y cuatro especies de Scarabaeidae (Coleoptera). Las identificaciones de las secuencias de ADN fueron exitosas para el orden Lepidoptera, coincidiendo con siete especies identificadas morfológicamente y representando el 77,7% de éxito. Para Coleoptera no se obtuvieron coincidencias. Por lo tanto, el sistema de código de barras de ADN es una herramienta que permite asignar secuencias solo cuando previamente exista una biblioteca de referencia con la cual se pueda comparar.

Browse

Browsing EP Ciencias Biológicas by Subject "ADN - Análisis"