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Integración de marcadores microsatélites en el mapa ultradenso de solanum tuberosum y su comparación con el de solanum phureja
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Torres Ascurra, Yerisf Carla; Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth; Orjeda Fernández, María Gisella
La papa, es el cultivo no cereal más importante del mundo con una producción mundial que ha alcanzado los 329 millones de toneladas anuales. A pesar de la enorme importancia de este cultivo, aún se desconocen aspectos sobre la genética de muchas de sus características cualitativas y cuantitativas. El mapa UHD (> 10 000 AFLPs) de Solanum tuberosum, ha sido una herramienta de gran utilidad para el proyecto de secuenciamiento del genoma de la papa, que se enfocó inicialmente en el individuo RH89-039-16. Sin embargo, debido a su heterocigocidad se optó por una línea doble monohaploide de la especie S. phureja (DM1-3516R44), para lo cual fue necesario la construcción de novo de un mapa genético. Con la finalidad de identificar cambios en la estructura genómica de estos dos individuos, se analizaron 74 marcadores microsatélites cartografiados previamente en DM1-3516R44, lográndose integrar 62 loci microsatélite en el mapa UHD de RH89-039-16. La comparación de los mapas genéticos de RH89-039-16 y DM1-3516R44 reveló la existencia de colinealidad en grandes fragmentos de los cromosomas II, V y VI, mientras que los cromosomas I, IV, X y XII presentan diferencias en cuanto al contenido de ciertos marcadores. Los cromosomas VII y IX muestran la presencia de rearreglos cromosómicos que podrían ser inversiones o translocaciones, además la presencia de loci duplicados en los cromosomas VIII, I y II, indicaría la ocurrencia de eventos de duplicación intra e intercromosómica. Sin embargo para verificar tales cambios es necesario cartografiar más microsatélites y saturar la zona cromosómica de interés. -- Palabras clave: Papa, marcador molecular, microsatélite, cartografía genética, mapa UHD, colinealidad.
Transcriptoma de la respuesta a la sequía en Solanum tuberosum subsp. andigena
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2014) Torres Ascurra, Yerisf Carla; Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth
Describe la secuencia del mRNA proveniente de hojas y raíces de dos variedades de Solanum tuberosum subsp. andigena, una tolerante y otra susceptible, expuestas a diferentes niveles de sequía. Lecturas de 50 pares de bases provenientes de mRNA, se mapearon al genoma de papa: entre el 75 - 82% mapearon a posiciones únicas, 6 - 14% mapearon a múltiples posiciones y 9 - 12% no mapearon a posición alguna del genoma. Comparando los perfiles de expresión, se encontraron entre 887 a 1925 genes inducidos/reprimidos por sequía en la variedad susceptible y 998- 1995 en la tolerante. Se anotaron funcionalmente los 200 genes más inducidos por cada tratamiento encontrándose información primaria respecto a los procesos biológicos y moleculares involucrados durante la sequía. Finalmente, fue posible correlacionar los perfiles de expresión diferencial de los genes durante la sequía, formándose 31 módulos con aquellos genes altamente correlacionados. Generó información de gran valor que podrá ser utilizada en futuros estudios para comprender mejor los mecanismos moleculares de tolerancia a sequía en papa y especies cercanas.