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Identificación y caracterización molecular de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ti de Agrobacterium spp. insertados en el genoma de Ipomoea batatas (L.) Lam “camote“ y especies silvestres relacionadas
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012) Quispe Huamanquispe, Dora Graciela; Alvarado Iparraguirre, Débora Elizabeth
La transferencia horizontal de genes (HGT) ha sido uno de los temas más debatidos en biología evolutiva durante las últimas dos décadas debido a que esto ha desafiado considerablemente nuestra visión acerca de la historia evolutiva de los genomas. En el caso de organismos procariotas como las bacterias, la adquisición de genes de otros individuos alejados filogenéticamente les ha permitido producir genomas extraordinariamente heterogéneos y dinámicos cambiando por tanto, la ecología y la patogenicidad de las especies bacterianas (Maiden 1998; Gogarten et al., 2002; Ochman et al., 2000). En eucariotas también se ha registrado la ocurrencia de eventos de HGT, los cuales incluyen a un gran número de genes provenientes de varios donadores en los rotíferos de la clase Bdelloidea (Gladyshev et al., 2008) o la transferencia de genes de la bacteria intracelular Wolbachia dentro del genoma de sus hospederos artrópodos (Hotopp et al., 2007). En plantas, el modelo mejor conocido sigue siendo el del género Agrobacterium cuyo mecanismo de infección involucra la transferencia e integración de una región del plásmido Ti al genoma de la célula vegetal. El impacto de este hallazgo ha tenido grandes aplicaciones en diversos campos de la biología vegetal, agricultura y biotecnología. Sin embargo, el descubrimiento de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ri de Agrobacterium rizhognenes en el genoma de especies del género Nicotiana (White et al., 1983; Furner et al., 1986), Daucus carota “zanahoria” (Spano et al., 1982) y Convulvus arvensis (Tepfer, 1982) han evidenciado que la ocurrencia de este tipo de eventos actúan como una fuerza significativa en la evolución de genomas eucariotas (Richardson y Palmer, 2007; Bock, 2010; Talianova y Janousek, 2011). La importancia de estos hallazgos incrementa la necesidad de realizar más investigaciones para entender el mecanismo de flujo horizontal de genes a través de bacterias en la evolución de plantas superiores, por lo que el presente trabajo de tesis pretende identificar y caracterizar la presencia de secuencias homólogas al T-DNA del plásmido Ti de Agrobacterium spp. en el genoma de Ipomoea batatas (L.) Lam “camote” y especies silvestres relacionadas, con el fin de evidenciar la ocurrencia de eventos de HGT en este género y el posible impacto de este hallazgo en su evolución.
Perfil molecular de Mycobacterium tuberculosis en muestras biológicas del tracto respiratorio inferior de pacientes limeños con sospecha de tuberculosis
(Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2009) Quispe Huamanquispe, Dora Graciela; Guerrero Alva, Elsa Ivonne
La tuberculosis es una enfermedad infecciosa que constituye un grave problema de salud pública a nivel mundial principalmente en países en vías de desarrollo, como el Perú. Las limitaciones de los métodos clásicos de diagnostico (baciloscopía y cultivo) así como la alta frecuencia de ésta enfermedad han creado la necesidad de implementar nuevas estrategias para incrementar la sensibilidad de las pruebas y a su vez reducir el tiempo necesario para establecer el diagnostico confirmatorio. Considerando que los estudios correspondientes a la región del Tracto Respiratorio Inferior (TRI) son escasos, el objetivo de esta tesis fue determinar el perfil molecular de Mycobacterium tuberculosis en muestras biológicas del TRI de pacientes limeños con sospecha de tuberculosis. En el presente trabajo se evaluaron 43 muestras de pacientes limeños con sospecha clínica de tuberculosis las cuales fueron obtenidas a través de lavado bronquial, aspirado bronquial, secreción bronquial, lavado bronco-alveolar, aspirado bronco-alveolar y broncofibroscopía. De estas muestras se extrajo DNA y se realizó la prueba del PCR - Nested, para ello se empleó como secuencia diana el gen de la proteína A (65KDa) de Mycobacterium tuberculosis, los productos amplificados fueron evidenciados mediante electroforesis en gel de agarosa y tinción con bromuro de etidio. Los resultados obtenidos muestran que el 77% de las muestras procesadas poseen DNA de Mycobacterium tuberculosis, demostrándose la alta sensibilidad y especificidad del método empleado, el 82% de estas muestras correspondieron a la región del árbol bronquial superior, debido a que esta región es el punto de partida para la diseminación de esta micobacteria hacia otras regiones del tracto respiratorio y además, a que la mayoría de muestras fueron tomadas directamente de esta región. Asimismo, la aplicación de la prueba PCR- Nested incrementó la sensibilidad de detección 5.5 veces con respecto a un único evento de amplificación, lo cual demuestra la utilidad de esta prueba en el análisis de material biológico con baja carga micobacteriana como las empleadas en este trabajo. Finalmente, se concluye que la prueba PCR- Nested es un método altamente sensible y específico para detectar DNA de Mycobacterium tuberculosis a partir de muestras procedentes del TRI.